204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2456 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  51.18 
 
 		 1018 aa  873    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  52.24 
 
 		 1018 aa  894    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  51.38 
 
 		 1018 aa  850    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  51.76 
 
 		 1018 aa  879    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  51.96 
 
 		 1018 aa  868    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  44.86 
 
 		 1020 aa  723    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  51.47 
 
 		 1018 aa  879    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  100 
 
 		 1018 aa  2019    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  51.77 
 
 		 1018 aa  863    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  51.47 
 
 		 1018 aa  868    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  51.91 
 
 		 1018 aa  885    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  52.69 
 
 		 1018 aa  910    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  51.47 
 
 		 1018 aa  868    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  51.47 
 
 		 1018 aa  867    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  38.04 
 
 		 1018 aa  560  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  37.95 
 
 		 1018 aa  561  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  34.83 
 
 		 1020 aa  472  1.0000000000000001e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  37.67 
 
 		 1020 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3664  dsDNA exonuclease SbcC  36.81 
 
 		 1017 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  31.3 
 
 		 1049 aa  412  1e-113  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  28.7 
 
 		 1039 aa  388  1e-106  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  29.3 
 
 		 1029 aa  380  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  28.08 
 
 		 1029 aa  382  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  29.03 
 
 		 1029 aa  380  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  28.41 
 
 		 1029 aa  374  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  28.69 
 
 		 1029 aa  375  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  28.41 
 
 		 1029 aa  374  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  28.19 
 
 		 1029 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  28.19 
 
 		 1029 aa  369  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  28.19 
 
 		 1029 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  28.19 
 
 		 1029 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  28 
 
 		 1029 aa  362  2e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  31.52 
 
 		 953 aa  335  4e-90  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1031  SMC domain-containing protein  29.83 
 
 		 1033 aa  321  3.9999999999999996e-86  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  40.82 
 
 		 1013 aa  320  7.999999999999999e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  26.81 
 
 		 1009 aa  296  1e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  30.22 
 
 		 1059 aa  294  6e-78  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  28.96 
 
 		 1046 aa  294  7e-78  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3946  exonuclease protein  31.33 
 
 		 1024 aa  289  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  26.19 
 
 		 1011 aa  260  9e-68  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  31.07 
 
 		 1030 aa  207  6e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  25.74 
 
 		 1085 aa  196  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  24.3 
 
 		 961 aa  185  5.0000000000000004e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  40.68 
 
 		 1081 aa  180  1e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2144  DNA repair exonuclease, SbcC  47.01 
 
 		 1006 aa  178  4e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214587  normal  0.18739 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  24.94 
 
 		 1108 aa  175  5e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5894  DNA repair ATPase-like protein  25.75 
 
 		 1029 aa  167  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0510725  hitchhiker  0.00862936 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  32.78 
 
 		 995 aa  164  7e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  48.48 
 
 		 1025 aa  160  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  40.47 
 
 		 1291 aa  157  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  38.26 
 
 		 1038 aa  157  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  36.7 
 
 		 881 aa  154  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  41.15 
 
 		 962 aa  153  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  33.16 
 
 		 1047 aa  152  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4360  putative ATP-dependent dsDNA exonuclease  40.26 
 
 		 986 aa  149  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.288982  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1924  DNA repair exonuclease, SbcC  40.5 
 
 		 995 aa  145  4e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557877  decreased coverage  0.00069537 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2573  SMC domain-containing protein  37.17 
 
 		 1023 aa  145  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  35.81 
 
 		 1022 aa  144  6e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1890  DNA repair exonuclease, SbcC  37.9 
 
 		 989 aa  142  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31440  DNA repair ATPase  43.17 
 
 		 986 aa  142  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.651152 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  37.56 
 
 		 1009 aa  140  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  37.56 
 
 		 1009 aa  140  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0124  putative exonuclease  36.07 
 
 		 1046 aa  138  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0895241  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  38.54 
 
 		 1249 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08420  exonuclease SbcC  43.46 
 
 		 1009 aa  132  3e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2960  DNA repair exonuclease, SbcC  44.03 
 
 		 1191 aa  126  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.263309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  30.4 
 
 		 1088 aa  124  7e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  28.6 
 
 		 906 aa  124  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  36.36 
 
 		 1137 aa  121  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  29.84 
 
 		 1303 aa  120  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  31.53 
 
 		 1223 aa  118  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  25.6 
 
 		 1091 aa  117  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1915  SMC domain protein  34.95 
 
 		 815 aa  115  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00125008  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  34.87 
 
 		 1220 aa  115  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0207  exonuclease SbcC  34.74 
 
 		 1172 aa  115  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  34.87 
 
 		 1229 aa  115  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  34.87 
 
 		 1229 aa  115  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  35.78 
 
 		 810 aa  114  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0205  exonuclease SbcC  34.21 
 
 		 1172 aa  114  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305096  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  35.27 
 
 		 1164 aa  114  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  34.76 
 
 		 1227 aa  114  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  28.25 
 
 		 1307 aa  113  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  36.17 
 
 		 1165 aa  112  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  31.14 
 
 		 1230 aa  112  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0673  SMC domain protein  36.9 
 
 		 1116 aa  112  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00700495  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  34.6 
 
 		 1226 aa  112  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2384  exonuclease SbcC  31.49 
 
 		 1099 aa  111  8.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00297099  hitchhiker  0.00111486 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  30.8 
 
 		 1232 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  40.67 
 
 		 1346 aa  110  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  28.45 
 
 		 1091 aa  109  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1225  putative exonuclease  40.1 
 
 		 1058 aa  109  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  34.74 
 
 		 1219 aa  109  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  35.42 
 
 		 910 aa  109  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  33.11 
 
 		 1227 aa  108  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  42.34 
 
 		 1224 aa  107  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  36.67 
 
 		 1211 aa  107  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  40.23 
 
 		 1213 aa  107  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0205  SMC domain-containing protein  34.9 
 
 		 1180 aa  107  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  36.67 
 
 		 1211 aa  107  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  39.66 
 
 		 1214 aa  107  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>