189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0733 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_31440  DNA repair ATPase  51.27 
 
 
986 aa  662    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.651152 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  100 
 
 
962 aa  1808    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1924  DNA repair exonuclease, SbcC  44.76 
 
 
995 aa  509  9.999999999999999e-143  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557877  decreased coverage  0.00069537 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1890  DNA repair exonuclease, SbcC  40.8 
 
 
989 aa  464  1e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  26.03 
 
 
1049 aa  281  5e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  25.19 
 
 
1029 aa  275  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4360  putative ATP-dependent dsDNA exonuclease  45.98 
 
 
986 aa  271  4e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.288982  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  25.76 
 
 
1029 aa  271  5e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3946  exonuclease protein  32.35 
 
 
1024 aa  268  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  26.19 
 
 
1029 aa  267  7e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  41.48 
 
 
995 aa  266  2e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  25.16 
 
 
1029 aa  259  1e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  54.81 
 
 
1291 aa  226  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  40.19 
 
 
1025 aa  213  1e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  51.85 
 
 
1249 aa  211  4e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  45.21 
 
 
1022 aa  193  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  46.53 
 
 
881 aa  194  1e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2573  SMC domain-containing protein  42.5 
 
 
1023 aa  189  3e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2960  DNA repair exonuclease, SbcC  56.85 
 
 
1191 aa  181  4e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.263309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  29.21 
 
 
1018 aa  180  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1225  putative exonuclease  45.82 
 
 
1058 aa  171  5e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  45.73 
 
 
1020 aa  170  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  25.32 
 
 
1030 aa  169  2e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  24.72 
 
 
1029 aa  169  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0124  putative exonuclease  46.53 
 
 
1046 aa  169  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0895241  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  25.76 
 
 
1029 aa  167  9e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  25.76 
 
 
1029 aa  167  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  30.91 
 
 
1018 aa  166  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  25.64 
 
 
1029 aa  165  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  45.11 
 
 
953 aa  164  7e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  25.64 
 
 
1029 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  39.76 
 
 
1047 aa  164  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  28.57 
 
 
1059 aa  163  1e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  41.03 
 
 
1081 aa  163  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  41.33 
 
 
1018 aa  163  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  24.42 
 
 
1039 aa  161  5e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  48.77 
 
 
1020 aa  161  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2144  DNA repair exonuclease, SbcC  48.69 
 
 
1006 aa  161  6e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214587  normal  0.18739 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  25.48 
 
 
1029 aa  160  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08420  exonuclease SbcC  55.08 
 
 
1009 aa  159  3e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  42.19 
 
 
1018 aa  158  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  42 
 
 
1013 aa  157  7e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  26.11 
 
 
1029 aa  157  8e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  36.24 
 
 
1018 aa  157  8e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  40.2 
 
 
1018 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3664  dsDNA exonuclease SbcC  42.11 
 
 
1017 aa  155  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  38.14 
 
 
1018 aa  155  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  24.32 
 
 
1046 aa  151  4e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  39 
 
 
1018 aa  151  7e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  44.81 
 
 
1018 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  44.81 
 
 
1018 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  49.35 
 
 
1009 aa  149  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  38.5 
 
 
1018 aa  149  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  38.5 
 
 
1018 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  38.5 
 
 
1018 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  37.5 
 
 
1018 aa  146  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  38.42 
 
 
1018 aa  147  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1031  SMC domain-containing protein  31.41 
 
 
1033 aa  146  1e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  53.63 
 
 
1020 aa  145  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  39.68 
 
 
1038 aa  142  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  43.83 
 
 
1009 aa  140  8.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  43.83 
 
 
1009 aa  140  8.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  46.31 
 
 
1346 aa  130  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  39.37 
 
 
910 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  42.28 
 
 
1307 aa  122  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  42.28 
 
 
1303 aa  121  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  37.04 
 
 
1238 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  52.94 
 
 
1214 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  52.1 
 
 
1214 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  41.83 
 
 
1224 aa  115  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  42.66 
 
 
1091 aa  115  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  46.67 
 
 
1226 aa  114  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  43.4 
 
 
1213 aa  114  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  37.56 
 
 
1223 aa  114  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  39.06 
 
 
1101 aa  114  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  37.31 
 
 
1230 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  44.3 
 
 
1164 aa  114  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  36.96 
 
 
1223 aa  112  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  50 
 
 
1211 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  41.72 
 
 
1226 aa  112  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  50 
 
 
1211 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  45.89 
 
 
1232 aa  111  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  50.83 
 
 
1214 aa  111  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  50.83 
 
 
1214 aa  111  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  50.83 
 
 
1214 aa  111  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  46.58 
 
 
1155 aa  110  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  50.83 
 
 
1214 aa  110  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  44.36 
 
 
1091 aa  109  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  39.73 
 
 
1234 aa  109  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  44.52 
 
 
1227 aa  109  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  36.26 
 
 
1088 aa  108  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  26.41 
 
 
1085 aa  108  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  41.14 
 
 
1137 aa  107  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  41.79 
 
 
1219 aa  107  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  39.78 
 
 
1144 aa  106  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0205  SMC domain-containing protein  27.03 
 
 
1180 aa  105  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  37.71 
 
 
1227 aa  104  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  37.02 
 
 
1083 aa  103  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  34.62 
 
 
1011 aa  102  3e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  43.84 
 
 
1042 aa  102  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>