More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1107 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  591  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 321 aa  256  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 316 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 316 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 316 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 316 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 331 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 325 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 316 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 315 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 304 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 321 aa  195  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  39.78 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 319 aa  192  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 335 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 327 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  38.32 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  37.01 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 356 aa  176  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 328 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 326 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 322 aa  165  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 341 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 339 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 308 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 313 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 318 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 334 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 304 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 351 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 397 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 415 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 397 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 406 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 397 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 323 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 419 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 417 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>