More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0540 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 699 aa  1410    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  63.81 
 
 		 709 aa  873    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  48.11 
 
 		 709 aa  629  1e-179  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  37.13 
 
 		 685 aa  371  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  35.8 
 
 		 694 aa  360  3e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  35.66 
 
 		 719 aa  359  9e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  36.8 
 
 		 727 aa  359  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  35.51 
 
 		 734 aa  357  5.999999999999999e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  36.28 
 
 		 708 aa  345  2e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 689 aa  327  6e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 		 680 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  33.87 
 
 		 681 aa  320  7e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 		 685 aa  319  9e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  33.82 
 
 		 682 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  34.69 
 
 		 687 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  34.69 
 
 		 687 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  33.08 
 
 		 689 aa  316  9.999999999999999e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  31.36 
 
 		 821 aa  310  4e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 		 682 aa  307  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 724 aa  298  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  31.95 
 
 		 758 aa  296  7e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  31.75 
 
 		 758 aa  296  7e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  31.43 
 
 		 758 aa  296  7e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  31.47 
 
 		 758 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 681 aa  292  1e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  32.6 
 
 		 677 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  31.32 
 
 		 758 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  32.56 
 
 		 681 aa  291  4e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  32.31 
 
 		 693 aa  291  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 692 aa  290  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 706 aa  290  6e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 742 aa  290  8e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 677 aa  289  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  30.67 
 
 		 709 aa  288  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 		 694 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 		 693 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  33.82 
 
 		 685 aa  281  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 730 aa  281  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 751 aa  280  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  33.94 
 
 		 751 aa  280  9e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 698 aa  279  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 698 aa  279  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 744 aa  279  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 698 aa  279  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 681 aa  279  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 681 aa  279  1e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  31.95 
 
 		 695 aa  279  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  33.59 
 
 		 725 aa  272  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  34.33 
 
 		 713 aa  272  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 835 aa  271  2.9999999999999997e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 702 aa  268  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  32.85 
 
 		 702 aa  265  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  32.75 
 
 		 727 aa  265  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.66 
 
 		 600 aa  263  6.999999999999999e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 		 695 aa  262  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  27.42 
 
 		 778 aa  258  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 705 aa  257  5e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  31.88 
 
 		 676 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 751 aa  251  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  32.55 
 
 		 714 aa  250  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  31.87 
 
 		 705 aa  249  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  26.83 
 
 		 801 aa  241  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  31.48 
 
 		 719 aa  238  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 		 719 aa  239  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  31.48 
 
 		 714 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 		 702 aa  232  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  31.79 
 
 		 707 aa  230  8e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 733 aa  228  3e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 797 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  30.7 
 
 		 723 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  30.7 
 
 		 731 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  26.89 
 
 		 744 aa  211  5e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  29.7 
 
 		 774 aa  209  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 783 aa  194  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 784 aa  193  9e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 799 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 784 aa  184  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 789 aa  182  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  27.55 
 
 		 782 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 759 aa  179  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 766 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  25.28 
 
 		 868 aa  157  6e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 801 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1572  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 780 aa  144  6e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0693034  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7106  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 818 aa  139  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.385774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  22.88 
 
 		 776 aa  138  4e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 763 aa  137  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 732 aa  137  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  37.3 
 
 		 249 aa  117  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 836 aa  114  5e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 735 aa  100  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 824 aa  99.8  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2339  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 797 aa  95.9  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.608898  normal  0.596694 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  24.08 
 
 		 687 aa  94.4  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0204  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 678 aa  89  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 776 aa  87.8  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1366  tonB-linked outer membrane receptor  26.69 
 
 		 811 aa  86.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 730 aa  83.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  30 
 
 		 633 aa  79.3  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 672 aa  79  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>