128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0169 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  100 
 
 
278 aa  554  1e-157  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  57.52 
 
 
343 aa  290  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  56.22 
 
 
334 aa  285  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.29 
 
 
283 aa  285  7e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  56.63 
 
 
328 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.98 
 
 
357 aa  278  6e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  53.82 
 
 
328 aa  278  9e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  56.18 
 
 
333 aa  278  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.42 
 
 
347 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  57.71 
 
 
338 aa  275  4e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.66 
 
 
346 aa  275  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  53.9 
 
 
337 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  54.1 
 
 
339 aa  272  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.42 
 
 
350 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.24 
 
 
341 aa  268  8e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  55.02 
 
 
355 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.59 
 
 
341 aa  266  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.22 
 
 
350 aa  264  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.5 
 
 
330 aa  260  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  54.22 
 
 
341 aa  260  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.15 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.79 
 
 
330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  50.82 
 
 
327 aa  251  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  52.21 
 
 
315 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  51.67 
 
 
329 aa  248  8e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  50.19 
 
 
331 aa  247  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.64 
 
 
329 aa  246  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  51.94 
 
 
326 aa  246  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  53.69 
 
 
333 aa  245  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.05 
 
 
329 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  51.39 
 
 
334 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  53.28 
 
 
334 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.2 
 
 
333 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  51.79 
 
 
330 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  52.59 
 
 
330 aa  242  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  51.14 
 
 
337 aa  242  5e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  50.6 
 
 
334 aa  241  9e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  51.92 
 
 
333 aa  241  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  52.87 
 
 
298 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.81 
 
 
328 aa  238  8e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50 
 
 
334 aa  236  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50.2 
 
 
330 aa  236  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  50 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  47.91 
 
 
347 aa  233  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  50.82 
 
 
327 aa  231  8.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  48.39 
 
 
318 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  48.77 
 
 
342 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.58 
 
 
326 aa  227  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.58 
 
 
326 aa  227  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  47.2 
 
 
342 aa  227  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  48 
 
 
338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  49.37 
 
 
298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  44.61 
 
 
312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.15 
 
 
314 aa  213  1.9999999999999998e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  43.77 
 
 
266 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  47.22 
 
 
355 aa  203  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  46.9 
 
 
293 aa  196  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.73 
 
 
345 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.19 
 
 
348 aa  172  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  40.42 
 
 
296 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  41.83 
 
 
284 aa  155  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  37.65 
 
 
273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  42.31 
 
 
279 aa  149  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  38.33 
 
 
270 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  35.48 
 
 
273 aa  142  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  34.88 
 
 
295 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  36.65 
 
 
299 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  36.65 
 
 
299 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  36.65 
 
 
299 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.49 
 
 
338 aa  132  5e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  36.09 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  29.02 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.87 
 
 
231 aa  106  4e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.49 
 
 
282 aa  102  5e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.74 
 
 
290 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.72 
 
 
260 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.44 
 
 
268 aa  95.5  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.13 
 
 
255 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.92 
 
 
293 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.68 
 
 
277 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.06 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.16 
 
 
267 aa  83.2  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.5 
 
 
269 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  29.27 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  27.23 
 
 
269 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.15 
 
 
269 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2825  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.94 
 
 
284 aa  80.9  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.89 
 
 
269 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.37 
 
 
272 aa  79  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.19 
 
 
293 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.19 
 
 
293 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.47 
 
 
303 aa  73.2  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.63 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  22.76 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  29.12 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  27.47 
 
 
250 aa  63.2  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1143  P-type conjugative transfer protein VirB9  28.19 
 
 
257 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5022  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.23 
 
 
265 aa  61.2  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0116672  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5820  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.32 
 
 
280 aa  60.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  22.32 
 
 
270 aa  60.5  0.00000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>