More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1615 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 347 aa  712    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  65.36 
 
 		 340 aa  443  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  65.96 
 
 		 337 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  65.76 
 
 		 337 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.65 
 
 		 337 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  65.35 
 
 		 337 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  65.54 
 
 		 337 aa  425  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  66.67 
 
 		 337 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  66.35 
 
 		 337 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  66.67 
 
 		 337 aa  419  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  65.02 
 
 		 338 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  61.45 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  50.44 
 
 		 342 aa  347  2e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  59.54 
 
 		 331 aa  341  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  45.7 
 
 		 353 aa  296  5e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  49.36 
 
 		 380 aa  288  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  47.62 
 
 		 334 aa  264  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 		 349 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.12 
 
 		 354 aa  215  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  37.38 
 
 		 352 aa  209  6e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  36.52 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  34.53 
 
 		 361 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  32.73 
 
 		 411 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  31.63 
 
 		 374 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  33.11 
 
 		 364 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  29.71 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.75 
 
 		 358 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  31 
 
 		 352 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  26.3 
 
 		 354 aa  116  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 		 377 aa  116  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 354 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 		 354 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 		 388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  28.62 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.17 
 
 		 373 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 381 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 358 aa  106  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 354 aa  105  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  28.95 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.17 
 
 		 356 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 472 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  25.39 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.24 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  27.36 
 
 		 478 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 478 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 		 427 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 360 aa  99.8  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.94 
 
 		 397 aa  99.4  8e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.61 
 
 		 377 aa  99.4  8e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 360 aa  99.4  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 360 aa  99.4  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.42 
 
 		 356 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 361 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 419 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  27.67 
 
 		 400 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 368 aa  97.1  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 384 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  27.33 
 
 		 422 aa  96.3  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  29.84 
 
 		 381 aa  96.3  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 402 aa  95.9  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 386 aa  96.3  8e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 359 aa  95.9  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  25.16 
 
 		 392 aa  95.9  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 361 aa  94.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.62 
 
 		 376 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 471 aa  94.4  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 376 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  26.05 
 
 		 357 aa  94.4  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 377 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 		 360 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  27.18 
 
 		 421 aa  94  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 379 aa  94  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  27.48 
 
 		 428 aa  93.6  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 360 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  26.81 
 
 		 379 aa  94  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  27.81 
 
 		 351 aa  93.6  5e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 360 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.7 
 
 		 1462 aa  93.2  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 		 364 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.2 
 
 		 400 aa  93.2  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 381 aa  93.2  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 381 aa  93.2  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  27.31 
 
 		 394 aa  92.8  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 351 aa  92.8  8e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  23.74 
 
 		 451 aa  92.8  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  24.53 
 
 		 352 aa  92.8  9e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  26.77 
 
 		 388 aa  92.4  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  25.41 
 
 		 385 aa  92.4  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 387 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  24.72 
 
 		 372 aa  92.4  9e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  26.17 
 
 		 395 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  24.72 
 
 		 372 aa  92  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 395 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 414 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>