More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0831 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  100 
 
 		 351 aa  718    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  56.73 
 
 		 390 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  50.71 
 
 		 394 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  58.59 
 
 		 341 aa  325  9e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  48.94 
 
 		 375 aa  298  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 378 aa  294  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2684  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 371 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 370 aa  182  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 660 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 660 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 620 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 461 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 481 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 481 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 533 aa  152  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 360 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 453 aa  150  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 304 aa  150  5e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.43 
 
 		 664 aa  150  5e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  36.82 
 
 		 328 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 508 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.51 
 
 		 483 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.97 
 
 		 960 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 732 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  43.78 
 
 		 649 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 492 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 565 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 732 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 492 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 492 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.51 
 
 		 334 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  42.7 
 
 		 312 aa  146  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 492 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  44.2 
 
 		 347 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 312 aa  145  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.2 
 
 		 536 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 462 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 629 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 410 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.83 
 
 		 624 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 462 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 349 aa  144  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 492 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 492 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.51 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 316 aa  143  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 465 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 314 aa  143  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 352 aa  143  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  44.97 
 
 		 489 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  44.97 
 
 		 489 aa  143  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  47.31 
 
 		 480 aa  143  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  44.97 
 
 		 484 aa  143  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 553 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.01 
 
 		 1262 aa  143  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.24 
 
 		 625 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 579 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  44.97 
 
 		 499 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  44.97 
 
 		 499 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 499 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 584 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  43.09 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.38 
 
 		 335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 529 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 591 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 252 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 561 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 522 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  42.16 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 578 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  44.38 
 
 		 506 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 579 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 579 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.79 
 
 		 506 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 506 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 353 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 315 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.28 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 308 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  41.21 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  39.9 
 
 		 548 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 578 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 338 aa  139  6e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 		 722 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 510 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>