More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2870 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  87.39 
 
 		 555 aa  1003    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  80.43 
 
 		 557 aa  900    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  80.25 
 
 		 557 aa  897    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  80.62 
 
 		 557 aa  889    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  58.8 
 
 		 556 aa  635    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1389  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  80.62 
 
 		 557 aa  884    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  91.89 
 
 		 555 aa  1002    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  92.43 
 
 		 555 aa  1012    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  100 
 
 		 555 aa  1142    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  61.11 
 
 		 562 aa  624  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3296  diguanylate cyclase  59.44 
 
 		 507 aa  600  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000430363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2961  diguanylate cyclase  49.82 
 
 		 565 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  29.39 
 
 		 603 aa  141  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  26.37 
 
 		 564 aa  128  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  26.23 
 
 		 612 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 561 aa  114  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.66 
 
 		 1011 aa  99.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  26.03 
 
 		 569 aa  97.1  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 577 aa  94.4  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  25 
 
 		 588 aa  94  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  23.67 
 
 		 638 aa  94  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  27.09 
 
 		 571 aa  94  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  24.3 
 
 		 636 aa  92.8  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.39 
 
 		 867 aa  92.4  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  23.43 
 
 		 565 aa  92  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  24.38 
 
 		 571 aa  91.7  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  27.03 
 
 		 611 aa  91.7  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.67 
 
 		 1264 aa  90.9  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2484  GGDEF domain-containing protein  23.87 
 
 		 571 aa  89  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  26.46 
 
 		 581 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.01 
 
 		 566 aa  87.4  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.15 
 
 		 663 aa  87  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  24.1 
 
 		 630 aa  87  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 638 aa  86.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  24.16 
 
 		 578 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  36.71 
 
 		 344 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  31.25 
 
 		 868 aa  83.2  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  28.45 
 
 		 491 aa  82.4  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  24.33 
 
 		 614 aa  82  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  23.68 
 
 		 628 aa  81.3  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  24.48 
 
 		 631 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1669  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  24.16 
 
 		 628 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  23.19 
 
 		 625 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  24.3 
 
 		 629 aa  80.5  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  27.93 
 
 		 517 aa  79.7  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.44 
 
 		 660 aa  80.1  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  24.35 
 
 		 628 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  28.34 
 
 		 340 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 562 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.85 
 
 		 662 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 		 662 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  24.82 
 
 		 570 aa  78.2  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  23.49 
 
 		 628 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 472 aa  77.8  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  23.99 
 
 		 621 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  27.94 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3407  translation initiation factor IF-2  36.67 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60542  normal  0.126048 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2916  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  30.3 
 
 		 543 aa  77  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.833203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.67 
 
 		 853 aa  77  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 490 aa  77  0.0000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.53 
 
 		 1050 aa  77  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 738 aa  77  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.9 
 
 		 662 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.11 
 
 		 669 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.62 
 
 		 739 aa  76.6  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  31.1 
 
 		 308 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  33.78 
 
 		 423 aa  76.6  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.72 
 
 		 953 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.23 
 
 		 1078 aa  76.6  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 319 aa  76.6  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.72 
 
 		 587 aa  76.3  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  30.09 
 
 		 570 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  35.03 
 
 		 589 aa  76.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.52 
 
 		 572 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 381 aa  76.6  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4153  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 305 aa  76.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  33.78 
 
 		 423 aa  76.6  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  27.93 
 
 		 359 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000941  GGDEF family protein  28.94 
 
 		 382 aa  75.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181064  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4011  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 305 aa  75.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156035  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1509  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 835 aa  75.5  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0192657  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  23.69 
 
 		 596 aa  75.9  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  31.72 
 
 		 319 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3485  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.52 
 
 		 572 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  25.44 
 
 		 673 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.92 
 
 		 726 aa  75.5  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  24 
 
 		 557 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0485  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.36 
 
 		 1011 aa  75.5  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 227 aa  75.1  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4127  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0339065  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.72 
 
 		 1073 aa  74.7  0.000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.02 
 
 		 1087 aa  74.7  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>