More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3341 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 326 aa  676    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  60.06 
 
 		 324 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  39.38 
 
 		 323 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 324 aa  225  8e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  34.28 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.19 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.69 
 
 		 323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.14 
 
 		 326 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28 
 
 		 643 aa  125  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.62 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.33 
 
 		 644 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.33 
 
 		 644 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  29.3 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 417 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  30.74 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.97 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 323 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.45 
 
 		 646 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.65 
 
 		 323 aa  119  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.96 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.91 
 
 		 646 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.27 
 
 		 650 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.36 
 
 		 646 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.91 
 
 		 646 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.2 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.38 
 
 		 326 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 323 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  29.58 
 
 		 349 aa  115  7.999999999999999e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  30.36 
 
 		 320 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  32.49 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.46 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.05 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  26.92 
 
 		 638 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.11 
 
 		 765 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.55 
 
 		 636 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.65 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.72 
 
 		 781 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  25.27 
 
 		 636 aa  113  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 417 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.64 
 
 		 645 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.7 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  26.81 
 
 		 630 aa  109  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.56 
 
 		 571 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.74 
 
 		 477 aa  108  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.29 
 
 		 730 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.14 
 
 		 336 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 336 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  29.15 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0726  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 236 aa  105  7e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.914342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.01 
 
 		 737 aa  106  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.85 
 
 		 754 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  27.71 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.65 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 477 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.74 
 
 		 368 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3531  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 385 aa  103  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.74 
 
 		 368 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3607  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.57 
 
 		 620 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 461 aa  103  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  38.95 
 
 		 431 aa  103  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.72 
 
 		 442 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 582 aa  102  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.11 
 
 		 962 aa  102  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 560 aa  102  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  24.69 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 411 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1761  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  38.22 
 
 		 754 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 411 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.98 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.22 
 
 		 754 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.75 
 
 		 736 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  27.31 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0279  GGDEF family protein  38.37 
 
 		 457 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  37.18 
 
 		 763 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 570 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 		 557 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 287 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102142  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  31.8 
 
 		 768 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  31.8 
 
 		 768 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 443 aa  100  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0487  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 363 aa  100  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.468611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  30.6 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 410 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.08 
 
 		 780 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 242 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.51 
 
 		 878 aa  100  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0492  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.874932  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1160  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.51 
 
 		 878 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 414 aa  99.8  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 821 aa  100  5e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 356 aa  99.8  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 719 aa  99.4  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>