More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_09080 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013204  Elen_1993  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  51.24 
 
 		 701 aa  648    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.13462  normal  0.124011 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09080  VacB/RNase II-like 3'-5' exoribonuclease  100 
 
 		 670 aa  1346    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.132674 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1274  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  40.84 
 
 		 670 aa  448  1.0000000000000001e-124  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  37.54 
 
 		 806 aa  422  1e-117  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  37.54 
 
 		 808 aa  422  1e-117  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  37.54 
 
 		 804 aa  422  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  37.54 
 
 		 808 aa  422  1e-117  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  37.39 
 
 		 806 aa  422  1e-117  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  37.24 
 
 		 806 aa  422  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  37.39 
 
 		 810 aa  421  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  37.39 
 
 		 808 aa  422  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  37.39 
 
 		 812 aa  422  1e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  36.94 
 
 		 814 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  36.84 
 
 		 792 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.86 
 
 		 762 aa  411  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  38.2 
 
 		 758 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  35.61 
 
 		 751 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  35.61 
 
 		 751 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  37.16 
 
 		 716 aa  382  1e-105  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  35.64 
 
 		 788 aa  385  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  37.94 
 
 		 763 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  38.47 
 
 		 770 aa  377  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  35.66 
 
 		 792 aa  374  1e-102  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  36.02 
 
 		 763 aa  375  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  34.19 
 
 		 735 aa  374  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  37.31 
 
 		 706 aa  370  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  34.68 
 
 		 790 aa  369  1e-101  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  34.68 
 
 		 790 aa  369  1e-101  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  34.89 
 
 		 716 aa  370  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  36.09 
 
 		 709 aa  368  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  34.39 
 
 		 742 aa  367  1e-100  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.67 
 
 		 759 aa  369  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  36.24 
 
 		 706 aa  367  1e-100  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  35.62 
 
 		 705 aa  367  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  33.74 
 
 		 709 aa  364  3e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  37.67 
 
 		 777 aa  362  1e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  34.6 
 
 		 757 aa  362  2e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.28 
 
 		 737 aa  361  2e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  34.93 
 
 		 810 aa  360  4e-98  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.92 
 
 		 737 aa  360  5e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  33.49 
 
 		 726 aa  358  1.9999999999999998e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.47 
 
 		 752 aa  357  3.9999999999999996e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  36.17 
 
 		 903 aa  355  2e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  32.98 
 
 		 708 aa  350  4e-95  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  37.41 
 
 		 715 aa  350  5e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  36.12 
 
 		 720 aa  346  8.999999999999999e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  33.48 
 
 		 801 aa  340  4e-92  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  35.85 
 
 		 758 aa  340  5.9999999999999996e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  33.69 
 
 		 817 aa  338  2.9999999999999997e-91  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  37.61 
 
 		 813 aa  336  5.999999999999999e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  35.99 
 
 		 722 aa  335  1e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  36.01 
 
 		 794 aa  335  2e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  35.31 
 
 		 819 aa  333  5e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  32.94 
 
 		 705 aa  330  4e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.49 
 
 		 840 aa  330  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  34.04 
 
 		 750 aa  330  4e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  33.53 
 
 		 795 aa  330  7e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  33.18 
 
 		 718 aa  329  8e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  35.11 
 
 		 766 aa  328  2.0000000000000001e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  35.32 
 
 		 791 aa  327  6e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  35.95 
 
 		 710 aa  326  7e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  35.8 
 
 		 710 aa  326  9e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  33.43 
 
 		 704 aa  325  1e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  32.28 
 
 		 801 aa  324  3e-87  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.18 
 
 		 762 aa  324  3e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  31.85 
 
 		 694 aa  323  5e-87  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.44 
 
 		 818 aa  323  7e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  33.88 
 
 		 828 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  34.03 
 
 		 795 aa  322  9.999999999999999e-87  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  33.43 
 
 		 801 aa  322  9.999999999999999e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  33.58 
 
 		 733 aa  321  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  34.29 
 
 		 771 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  33.28 
 
 		 906 aa  320  5e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  34.49 
 
 		 791 aa  320  5e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  33.59 
 
 		 702 aa  319  1e-85  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  32.92 
 
 		 695 aa  318  1e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  33.43 
 
 		 907 aa  319  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  33.59 
 
 		 726 aa  318  2e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  31.49 
 
 		 749 aa  318  2e-85  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  33.28 
 
 		 726 aa  317  5e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  35.61 
 
 		 1182 aa  317  5e-85  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  34.68 
 
 		 764 aa  316  7e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  33.28 
 
 		 758 aa  316  8e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  33.77 
 
 		 895 aa  316  9e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  34.46 
 
 		 795 aa  316  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  35 
 
 		 770 aa  316  9.999999999999999e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  34.68 
 
 		 764 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  32.4 
 
 		 857 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  32.7 
 
 		 857 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  32.49 
 
 		 736 aa  315  1.9999999999999998e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  35.4 
 
 		 755 aa  314  3.9999999999999997e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.83 
 
 		 861 aa  314  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  33.72 
 
 		 827 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  32.52 
 
 		 749 aa  313  4.999999999999999e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  33.72 
 
 		 827 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  33.72 
 
 		 827 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  32.55 
 
 		 857 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  32.98 
 
 		 808 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  32.31 
 
 		 667 aa  313  6.999999999999999e-84  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  35.99 
 
 		 751 aa  313  7.999999999999999e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>