More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1274 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1274  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  100 
 
 		 670 aa  1368    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09080  VacB/RNase II-like 3'-5' exoribonuclease  40.84 
 
 		 670 aa  431  1e-119  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.132674 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1993  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  38.14 
 
 		 701 aa  403  1e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.13462  normal  0.124011 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  36.76 
 
 		 758 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.64 
 
 		 762 aa  394  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  36.63 
 
 		 751 aa  393  1e-108  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  37.33 
 
 		 716 aa  392  1e-107  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  34.93 
 
 		 766 aa  387  1e-106  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  36.32 
 
 		 751 aa  388  1e-106  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  34.53 
 
 		 792 aa  384  1e-105  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  34.68 
 
 		 790 aa  384  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  34.68 
 
 		 790 aa  384  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  36.35 
 
 		 806 aa  379  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.97 
 
 		 759 aa  380  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  36.51 
 
 		 806 aa  377  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  36.35 
 
 		 808 aa  377  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  36.51 
 
 		 804 aa  378  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  36.51 
 
 		 810 aa  377  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  36.35 
 
 		 812 aa  377  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.96 
 
 		 818 aa  379  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  36.35 
 
 		 808 aa  377  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  36.51 
 
 		 808 aa  377  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  36.94 
 
 		 814 aa  379  1e-103  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  36.51 
 
 		 806 aa  378  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.36 
 
 		 788 aa  374  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  37.29 
 
 		 763 aa  375  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  35.69 
 
 		 792 aa  375  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  33.43 
 
 		 704 aa  375  1e-102  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  35.79 
 
 		 710 aa  370  1e-101  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  35.79 
 
 		 710 aa  371  1e-101  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  39 
 
 		 706 aa  366  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  35.07 
 
 		 737 aa  362  1e-98  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  34.49 
 
 		 810 aa  362  1e-98  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  33.03 
 
 		 709 aa  359  7e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.53 
 
 		 737 aa  359  9e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  36.08 
 
 		 808 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  34.74 
 
 		 801 aa  358  1.9999999999999998e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  36.15 
 
 		 819 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  35.22 
 
 		 763 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  33.28 
 
 		 705 aa  358  2.9999999999999997e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  31.87 
 
 		 742 aa  357  2.9999999999999997e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  35.36 
 
 		 757 aa  357  3.9999999999999996e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  35.7 
 
 		 709 aa  357  5e-97  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  36.68 
 
 		 706 aa  356  7.999999999999999e-97  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  38.16 
 
 		 722 aa  355  1e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.06 
 
 		 737 aa  355  1e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  36.74 
 
 		 770 aa  355  1e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.56 
 
 		 758 aa  355  2e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  36.67 
 
 		 715 aa  353  5.9999999999999994e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  35.67 
 
 		 817 aa  353  7e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  32.22 
 
 		 735 aa  352  1e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  35.71 
 
 		 795 aa  352  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  35.07 
 
 		 833 aa  352  1e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.54 
 
 		 720 aa  351  2e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  33.64 
 
 		 812 aa  348  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  33.25 
 
 		 827 aa  348  1e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  34.98 
 
 		 829 aa  348  1e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  35.07 
 
 		 826 aa  348  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  34.44 
 
 		 774 aa  348  2e-94  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  33.69 
 
 		 812 aa  347  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  35.19 
 
 		 777 aa  347  5e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  33.98 
 
 		 808 aa  347  5e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  34.13 
 
 		 807 aa  346  6e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  34.28 
 
 		 807 aa  346  6e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  35.33 
 
 		 758 aa  347  6e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  33.69 
 
 		 812 aa  346  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  33.69 
 
 		 812 aa  346  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  33.69 
 
 		 812 aa  346  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  34.28 
 
 		 807 aa  346  7e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  34.28 
 
 		 807 aa  346  7e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  35.94 
 
 		 903 aa  346  1e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  34.13 
 
 		 807 aa  345  1e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  33.83 
 
 		 808 aa  345  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  34.59 
 
 		 705 aa  345  1e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.44 
 
 		 813 aa  345  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  34.28 
 
 		 813 aa  345  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  33.83 
 
 		 809 aa  345  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  34.53 
 
 		 880 aa  344  2.9999999999999997e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  34.28 
 
 		 813 aa  344  4e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  34.28 
 
 		 813 aa  344  4e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  32.05 
 
 		 726 aa  344  4e-93  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  34.28 
 
 		 813 aa  343  5e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  34.28 
 
 		 813 aa  343  5e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  34.28 
 
 		 813 aa  343  5e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  34.28 
 
 		 813 aa  343  5e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  34.28 
 
 		 813 aa  343  5.999999999999999e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  33.53 
 
 		 808 aa  342  1e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  34.23 
 
 		 824 aa  342  1e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  35.22 
 
 		 733 aa  340  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  34.69 
 
 		 937 aa  340  5.9999999999999996e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  33.39 
 
 		 824 aa  340  5.9999999999999996e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  34.72 
 
 		 819 aa  339  9.999999999999999e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  35.14 
 
 		 752 aa  339  9.999999999999999e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  32.17 
 
 		 817 aa  338  1.9999999999999998e-91  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  34.17 
 
 		 702 aa  338  2.9999999999999997e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.13 
 
 		 805 aa  337  3.9999999999999995e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  30.93 
 
 		 726 aa  336  7e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  32.84 
 
 		 801 aa  335  2e-90  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  35.45 
 
 		 1055 aa  335  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  31.06 
 
 		 801 aa  333  7.000000000000001e-90  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>