More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Elen_1993 on replicon NC_013204
Organism: Eggerthella lenta DSM 2243



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013204  Elen_1993  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  100 
 
 		 701 aa  1405    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.13462  normal  0.124011 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09080  VacB/RNase II-like 3'-5' exoribonuclease  51.24 
 
 		 670 aa  620  1e-176  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.132674 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  33.8 
 
 		 808 aa  402  1e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  33.8 
 
 		 810 aa  402  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1274  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  38.14 
 
 		 670 aa  403  1e-111  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  33.8 
 
 		 812 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  33.8 
 
 		 808 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  33.8 
 
 		 804 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  33.8 
 
 		 808 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  33.8 
 
 		 806 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  33.66 
 
 		 806 aa  398  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  33.38 
 
 		 806 aa  399  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  33.52 
 
 		 814 aa  396  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  33.95 
 
 		 792 aa  389  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  33.76 
 
 		 762 aa  386  1e-106  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  34.18 
 
 		 758 aa  381  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  34.35 
 
 		 716 aa  376  1e-103  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  33.43 
 
 		 751 aa  378  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  33.14 
 
 		 751 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  35.14 
 
 		 763 aa  375  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  33.28 
 
 		 742 aa  375  1e-102  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  33.38 
 
 		 792 aa  370  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  35.27 
 
 		 706 aa  370  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  33.82 
 
 		 788 aa  367  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  32.91 
 
 		 790 aa  363  6e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  32.91 
 
 		 790 aa  363  6e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  34.1 
 
 		 705 aa  363  8e-99  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  34.11 
 
 		 763 aa  362  1e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  37.1 
 
 		 770 aa  361  3e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  33.72 
 
 		 903 aa  360  4e-98  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  34.88 
 
 		 759 aa  360  6e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  35.13 
 
 		 737 aa  358  1.9999999999999998e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  33.38 
 
 		 716 aa  357  3.9999999999999996e-97  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  33.82 
 
 		 757 aa  357  5e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  34.85 
 
 		 706 aa  356  6.999999999999999e-97  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.6 
 
 		 840 aa  355  1e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  34.12 
 
 		 833 aa  355  1e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  34.25 
 
 		 833 aa  354  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  32.55 
 
 		 750 aa  351  2e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  33.91 
 
 		 702 aa  351  3e-95  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  33.38 
 
 		 746 aa  350  4e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  34.25 
 
 		 827 aa  350  5e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  34.25 
 
 		 827 aa  350  6e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  34.25 
 
 		 827 aa  350  6e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  34.87 
 
 		 715 aa  350  7e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  32.57 
 
 		 810 aa  349  9e-95  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  34.4 
 
 		 737 aa  348  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  34.07 
 
 		 896 aa  348  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  34.07 
 
 		 896 aa  348  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  34.11 
 
 		 828 aa  348  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  33.98 
 
 		 895 aa  348  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  34.07 
 
 		 812 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  34.07 
 
 		 838 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  34.07 
 
 		 838 aa  347  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  34.07 
 
 		 838 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  34.07 
 
 		 886 aa  347  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  33.56 
 
 		 817 aa  346  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  32.83 
 
 		 709 aa  344  4e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  35.64 
 
 		 777 aa  343  9e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  33.85 
 
 		 771 aa  342  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  35.78 
 
 		 1055 aa  342  1e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  31.23 
 
 		 735 aa  342  2e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  33.29 
 
 		 817 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  34.65 
 
 		 864 aa  340  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  33.29 
 
 		 817 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  35.02 
 
 		 871 aa  340  5.9999999999999996e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  33.97 
 
 		 737 aa  339  9.999999999999999e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  33.47 
 
 		 818 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  35.96 
 
 		 710 aa  339  9.999999999999999e-92  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  33.72 
 
 		 805 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.12 
 
 		 758 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  34.65 
 
 		 848 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  33.19 
 
 		 722 aa  338  2.9999999999999997e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  36.69 
 
 		 720 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  31.64 
 
 		 801 aa  337  3.9999999999999995e-91  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  35.79 
 
 		 710 aa  337  5e-91  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  36.17 
 
 		 813 aa  337  5.999999999999999e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.14 
 
 		 818 aa  336  7e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  34.77 
 
 		 709 aa  336  7.999999999999999e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  32.66 
 
 		 817 aa  336  7.999999999999999e-91  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.29 
 
 		 813 aa  336  9e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1983  exoribonuclease II  33.7 
 
 		 744 aa  335  1e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0944364 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1425  ribonuclease R  35.06 
 
 		 752 aa  336  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  32.2 
 
 		 718 aa  336  1e-90  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  33.1 
 
 		 865 aa  335  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.99 
 
 		 870 aa  335  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  33.29 
 
 		 813 aa  335  2e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  32.94 
 
 		 808 aa  335  2e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  32.94 
 
 		 808 aa  335  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  33.77 
 
 		 766 aa  335  2e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  34.53 
 
 		 808 aa  334  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  33.15 
 
 		 813 aa  334  4e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  32.66 
 
 		 801 aa  333  4e-90  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  33.15 
 
 		 813 aa  334  4e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  33.15 
 
 		 813 aa  334  4e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  32.47 
 
 		 828 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  33.04 
 
 		 833 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  33.33 
 
 		 722 aa  333  8e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  33.15 
 
 		 813 aa  333  9e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  33.15 
 
 		 813 aa  333  9e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>