More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1632 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_1632  pseudouridylate synthase TruB domain protein  100 
 
 		 275 aa  569  1e-161  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0715  tRNA pseudouridine synthase B  55.19 
 
 		 278 aa  323  1e-87  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0698  tRNA pseudouridine synthase B  52.42 
 
 		 273 aa  305  4.0000000000000004e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0063  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 273 aa  294  1e-78  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1109  tRNA pseudouridine synthase B  47.23 
 
 		 272 aa  276  2e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0438  tRNA pseudouridine synthase B  52.22 
 
 		 273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1245  tRNA pseudouridine synthase B  48.33 
 
 		 272 aa  258  1e-67  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.478326  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1120  tRNA pseudouridine synthase B  48.33 
 
 		 272 aa  257  1e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0620  tRNA pseudouridine synthase B  47.96 
 
 		 272 aa  255  4e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.468931  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1057  tRNA pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 272 aa  250  2e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  38.69 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  38.12 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  37.56 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  37.56 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 310 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 310 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  36.2 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 322 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  34.48 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  37.44 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  36.77 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  34.93 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  33.17 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  35.42 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  36.15 
 
 		 300 aa  118  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  32.08 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  32.58 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  33.07 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  32.79 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  29.64 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  34.39 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  34.23 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  31.98 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  36.68 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  35.2 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  33.67 
 
 		 342 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  33.82 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  31.86 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  33.94 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  36.32 
 
 		 366 aa  112  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  36.04 
 
 		 412 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  35.18 
 
 		 371 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  31.48 
 
 		 325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  31.73 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  33.03 
 
 		 558 aa  111  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  31.31 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  38.07 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  31.67 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  34.33 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  30.73 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  31.92 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  32.91 
 
 		 318 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  34.17 
 
 		 301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  31.92 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  31.92 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 		 336 aa  109  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  35.38 
 
 		 363 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 235 aa  109  6e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  30.84 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  34.67 
 
 		 314 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  32.49 
 
 		 354 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  31.98 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  33.01 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  31.37 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  33.66 
 
 		 358 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  34.2 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  36.02 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  32.39 
 
 		 340 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08010  tRNA pseudouridine 55 synthase  32.27 
 
 		 340 aa  107  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.608305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  35.2 
 
 		 368 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  34.69 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  31.13 
 
 		 289 aa  106  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  32.38 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  31.28 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  29.17 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  32.14 
 
 		 314 aa  105  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>