More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NSE_0101 on replicon NC_007798
Organism: Neorickettsia sennetsu str. Miyayama



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 235 aa  480  1e-135  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 299 aa  191  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 341 aa  188  5e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 341 aa  188  5e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 341 aa  187  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 342 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  44.61 
 
 		 358 aa  185  5e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  44.12 
 
 		 310 aa  183  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 412 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  45.5 
 
 		 363 aa  181  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 298 aa  181  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 301 aa  180  1e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  46 
 
 		 366 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  45.5 
 
 		 387 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 318 aa  177  9e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 354 aa  177  9e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 335 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  44.28 
 
 		 351 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  44.28 
 
 		 368 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 366 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 324 aa  175  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 307 aa  173  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 		 296 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  43.5 
 
 		 320 aa  171  5.999999999999999e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 302 aa  171  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  42.38 
 
 		 311 aa  169  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 306 aa  168  7e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  40.72 
 
 		 324 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 292 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 324 aa  161  7e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 324 aa  161  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  43.01 
 
 		 310 aa  161  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.59 
 
 		 303 aa  159  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 312 aa  158  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 313 aa  158  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  45.36 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 319 aa  157  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  38.97 
 
 		 301 aa  156  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 304 aa  156  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  38.39 
 
 		 301 aa  156  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  41.97 
 
 		 309 aa  156  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  45.41 
 
 		 310 aa  155  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 304 aa  155  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 371 aa  154  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 299 aa  153  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 328 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  37.61 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 318 aa  151  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  38.97 
 
 		 301 aa  151  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1415  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334463  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.2 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  37.23 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  39.25 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0833  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 282 aa  148  6e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 306 aa  148  7e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  38.32 
 
 		 305 aa  148  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  39.25 
 
 		 305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  38.79 
 
 		 305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 311 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  37.85 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 294 aa  146  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 302 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.14 
 
 		 300 aa  145  5e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 305 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 305 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  36.97 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 359 aa  144  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  38.76 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  38.79 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  34.78 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  38.97 
 
 		 305 aa  141  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 311 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 307 aa  140  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  37.56 
 
 		 306 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 304 aa  140  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  35.43 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  36.2 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  37.16 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  34.04 
 
 		 300 aa  139  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 		 241 aa  139  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 312 aa  139  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>