More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1415 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1415  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 265 aa  510  1e-144  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334463  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  35.43 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  45.26 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  45.26 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 283 aa  181  9.000000000000001e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 321 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  43.11 
 
 		 303 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 321 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  47.32 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.19 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 313 aa  173  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  47.45 
 
 		 241 aa  174  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  43.82 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 		 300 aa  172  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  43.07 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  43.07 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.45 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  44.2 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  43.55 
 
 		 303 aa  169  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  39.11 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  42.17 
 
 		 292 aa  168  7e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 314 aa  167  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  43.3 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  44.61 
 
 		 322 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  43.16 
 
 		 359 aa  166  5e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  35.66 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  38.63 
 
 		 305 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 305 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.36 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl282  tRNA pseudouridine 5S synthase  32.95 
 
 		 286 aa  161  8.000000000000001e-39  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000650748  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  40.22 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  33.85 
 
 		 317 aa  159  3e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  37.66 
 
 		 344 aa  159  6e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  37.05 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 304 aa  158  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  46.15 
 
 		 279 aa  158  1e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 		 380 aa  157  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  37.45 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  35.48 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 304 aa  155  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  36.12 
 
 		 294 aa  153  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  35.56 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  37.77 
 
 		 305 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  44.15 
 
 		 306 aa  152  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3225  tRNA pseudouridine synthase B  46.09 
 
 		 295 aa  152  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  37.77 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  36.44 
 
 		 318 aa  152  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  46.59 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 305 aa  151  8.999999999999999e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  33.97 
 
 		 307 aa  150  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  42.55 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 235 aa  151  1e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 338 aa  150  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  35.17 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.08 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  40.44 
 
 		 313 aa  149  3e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.81 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  46.11 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  47.13 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  40.11 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>