More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_1109 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009714  CHAB381_1109  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 272 aa  551  1e-156  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0698  tRNA pseudouridine synthase B  59.04 
 
 		 273 aa  328  8e-89  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0063  tRNA pseudouridine synthase B  57.2 
 
 		 273 aa  323  2e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0715  tRNA pseudouridine synthase B  57.41 
 
 		 278 aa  320  1.9999999999999998e-86  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1632  pseudouridylate synthase TruB domain protein  47.23 
 
 		 275 aa  276  2e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0620  tRNA pseudouridine synthase B  52.03 
 
 		 272 aa  275  6e-73  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.468931  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1057  tRNA pseudouridine synthase B  51.48 
 
 		 272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1245  tRNA pseudouridine synthase B  52.03 
 
 		 272 aa  273  3e-72  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.478326  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1120  tRNA pseudouridine synthase B  51.66 
 
 		 272 aa  271  1e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0438  tRNA pseudouridine synthase B  46.72 
 
 		 273 aa  255  5e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  36.32 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  36.97 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  33.65 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  33.64 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  30.99 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 235 aa  129  6e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  30.1 
 
 		 304 aa  128  9.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  34.29 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  34.27 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  32.2 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  34.31 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 311 aa  125  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  33.01 
 
 		 291 aa  125  8.000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 558 aa  123  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  31.22 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 		 321 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 		 321 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  33.96 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  34.12 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  32.27 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  34.29 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  36.1 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  30.84 
 
 		 313 aa  118  7.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  34.2 
 
 		 291 aa  118  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  32.39 
 
 		 371 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  34.78 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  33.94 
 
 		 363 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  29.82 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  25.61 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  33.81 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  29.36 
 
 		 241 aa  116  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  30.5 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 		 310 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  33.5 
 
 		 283 aa  116  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  33.09 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  31.63 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  29.58 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 		 244 aa  115  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  34.91 
 
 		 328 aa  115  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  31.13 
 
 		 303 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  33.65 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  30.95 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  30.99 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  30.23 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  31.6 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  31.47 
 
 		 315 aa  114  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  32.76 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  29.55 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  31.51 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  32.7 
 
 		 309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  29.44 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  27.36 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  33.83 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  32.89 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  31.36 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  33.92 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  31.16 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  34.12 
 
 		 322 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  30.23 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  32.38 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  34.13 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  30.28 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  30.85 
 
 		 299 aa  112  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  32.52 
 
 		 335 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  30.19 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  31.92 
 
 		 318 aa  112  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0927  tRNA pseudouridine synthase B  31.32 
 
 		 283 aa  112  6e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000224094  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  29.3 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  30.42 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  28.92 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  29.77 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  30.14 
 
 		 380 aa  112  9e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>