More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CJJ81176_1120 on replicon NC_008787
Organism: Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008787  CJJ81176_1120  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
272 aa  549  1e-155  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1245  tRNA pseudouridine synthase B  98.16 
 
 
272 aa  541  1e-153  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.478326  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0620  tRNA pseudouridine synthase B  97.06 
 
 
272 aa  518  1e-146  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.468931  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1057  tRNA pseudouridine synthase B  67.28 
 
 
272 aa  355  6.999999999999999e-97  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0063  tRNA pseudouridine synthase B  53.48 
 
 
273 aa  306  3e-82  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0715  tRNA pseudouridine synthase B  50.37 
 
 
278 aa  288  9e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0698  tRNA pseudouridine synthase B  52.38 
 
 
273 aa  285  5.999999999999999e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1109  tRNA pseudouridine synthase B  51.66 
 
 
272 aa  282  4.0000000000000003e-75  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1632  pseudouridylate synthase TruB domain protein  48.33 
 
 
275 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0438  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 
273 aa  266  2e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  31.46 
 
 
306 aa  142  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  36.15 
 
 
303 aa  132  9e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  35.27 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  33.02 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  30.88 
 
 
300 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  33.85 
 
 
300 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  32.27 
 
 
302 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  34.1 
 
 
290 aa  125  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  30.61 
 
 
303 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  33.65 
 
 
299 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  34.02 
 
 
304 aa  123  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  34.7 
 
 
297 aa  122  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  34.15 
 
 
308 aa  122  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 
300 aa  122  6e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  30.63 
 
 
294 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  30.63 
 
 
294 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  30.73 
 
 
297 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  33.17 
 
 
310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  32.52 
 
 
292 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  29.92 
 
 
301 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  35.47 
 
 
291 aa  120  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0927  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
283 aa  119  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000224094  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 
304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  32.68 
 
 
299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  30.99 
 
 
304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  33.64 
 
 
345 aa  119  7e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  28.57 
 
 
305 aa  119  7.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  35.68 
 
 
291 aa  118  9e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  31.07 
 
 
307 aa  118  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  32.74 
 
 
299 aa  118  9e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 
311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  31.98 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  30.61 
 
 
308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  34.67 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  33.49 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  30.33 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  31.41 
 
 
304 aa  116  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 
311 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 
309 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  33 
 
 
318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  31.42 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  31.28 
 
 
308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  32.32 
 
 
301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  33.97 
 
 
309 aa  116  5e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  26.45 
 
 
305 aa  115  6e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  30.91 
 
 
313 aa  115  7.999999999999999e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
293 aa  115  7.999999999999999e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  28.02 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  28.17 
 
 
294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  26.91 
 
 
304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  28.29 
 
 
303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 
315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  29.61 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  32.05 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  34.55 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  31.33 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  31.33 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  32.16 
 
 
308 aa  113  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  30.53 
 
 
295 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  32.85 
 
 
289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  30.52 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  34.17 
 
 
319 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  33.81 
 
 
230 aa  112  5e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  25.93 
 
 
310 aa  112  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  28.1 
 
 
310 aa  112  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  26.69 
 
 
304 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  32.52 
 
 
308 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  29.24 
 
 
283 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  32.26 
 
 
310 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  31.31 
 
 
310 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
311 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
302 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
302 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  32.7 
 
 
291 aa  112  9e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
302 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  28.5 
 
 
302 aa  112  9e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  33.49 
 
 
347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  31.9 
 
 
311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  30.85 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  32.3 
 
 
302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  31.53 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1415  tRNA pseudouridine synthase B  32.11 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  29.95 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>