More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1057 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_1057  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 272 aa  551  1e-156  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1245  tRNA pseudouridine synthase B  67.65 
 
 		 272 aa  357  9.999999999999999e-98  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.478326  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1120  tRNA pseudouridine synthase B  67.28 
 
 		 272 aa  355  2.9999999999999997e-97  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0620  tRNA pseudouridine synthase B  66.91 
 
 		 272 aa  355  3.9999999999999996e-97  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.468931  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0063  tRNA pseudouridine synthase B  55.64 
 
 		 273 aa  311  7.999999999999999e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0715  tRNA pseudouridine synthase B  53.16 
 
 		 278 aa  293  1e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1109  tRNA pseudouridine synthase B  51.48 
 
 		 272 aa  286  2.9999999999999996e-76  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0698  tRNA pseudouridine synthase B  50.18 
 
 		 273 aa  277  1e-73  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1632  pseudouridylate synthase TruB domain protein  47.21 
 
 		 275 aa  263  2e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0438  tRNA pseudouridine synthase B  49.26 
 
 		 273 aa  256  3e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  34.17 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  32.77 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  32.35 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 		 304 aa  122  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  33.61 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  32.13 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  35.42 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0927  tRNA pseudouridine synthase B  30.8 
 
 		 283 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000224094  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  31.1 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  36.68 
 
 		 309 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  30.99 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  29.39 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  33.67 
 
 		 304 aa  116  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  36.18 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  34.34 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  30.25 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  30.09 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  30.35 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  30.11 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  35.9 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  29.23 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  31.28 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  35.44 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  29.64 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  36.6 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  33.06 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  30.31 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  31.46 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  30.54 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  35.9 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  31.16 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  30.43 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  30.43 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  30.43 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  29.31 
 
 		 363 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  36.19 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  28.64 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  29.49 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  27.97 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  30.32 
 
 		 303 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  33.01 
 
 		 230 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  31.66 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  29.96 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  28.24 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  34 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  32.89 
 
 		 345 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  32.35 
 
 		 297 aa  106  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  29.75 
 
 		 291 aa  107  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  34.33 
 
 		 235 aa  107  3e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  29.9 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  29.56 
 
 		 318 aa  106  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  35.5 
 
 		 244 aa  106  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  34.31 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  24.56 
 
 		 302 aa  105  5e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  31.94 
 
 		 304 aa  105  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  29.28 
 
 		 380 aa  105  7e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  28.79 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 311 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  29.58 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  31.4 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  28.83 
 
 		 359 aa  104  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  26.64 
 
 		 299 aa  104  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  29.52 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  29.3 
 
 		 289 aa  103  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  32.08 
 
 		 304 aa  103  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  31.19 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  27.47 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  31.16 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  30.05 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  31.4 
 
 		 293 aa  102  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  30.95 
 
 		 310 aa  102  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  30.13 
 
 		 323 aa  102  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  30.95 
 
 		 293 aa  102  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  30.95 
 
 		 293 aa  102  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  32.13 
 
 		 558 aa  102  6e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  27.19 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  27.98 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf284  tRNA pseudouridine synthase B  31.3 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.00589486  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  26.67 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  28.57 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>