90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2478 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 524 aa  1063    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  52.9 
 
 		 611 aa  404  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  51.09 
 
 		 1554 aa  262  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  47.39 
 
 		 343 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3272  hypothetical protein  53.08 
 
 		 552 aa  150  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000109169  hitchhiker  0.00653931 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  35.09 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.64 
 
 		 375 aa  134  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  31.89 
 
 		 530 aa  134  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  32.06 
 
 		 357 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2795  hypothetical protein  36.24 
 
 		 912 aa  104  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00123137  hitchhiker  0.0000146968 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2009  Cellulase  39.33 
 
 		 748 aa  100  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.428719  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3709  hypothetical protein  37.59 
 
 		 818 aa  99  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.156868 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0034  hypothetical protein  32.89 
 
 		 768 aa  96.3  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  37.5 
 
 		 873 aa  95.1  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  27.02 
 
 		 1556 aa  89  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1503  ATPase  34.24 
 
 		 674 aa  87.8  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000259399  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  28.88 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11513  putative alginate lyase  28.44 
 
 		 348 aa  82  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.291343  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3390  coagulation factor 5/8 type domain protein  36.09 
 
 		 1246 aa  80.9  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.032281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  30.09 
 
 		 417 aa  79.3  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  28.16 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  30.66 
 
 		 223 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  29.76 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  32.27 
 
 		 229 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  26.21 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  29.45 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  28.11 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  30.28 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  26.5 
 
 		 238 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  28.37 
 
 		 222 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  29.78 
 
 		 222 aa  68.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  29.18 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  26.62 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  28.88 
 
 		 223 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  29.04 
 
 		 222 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  29.71 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1614  glycosy hydrolase family protein  29.51 
 
 		 1471 aa  62  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4811  coagulation factor 5/8 type domain protein  34 
 
 		 971 aa  61.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000406891  unclonable  0.000000000000101535 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4065  F5/8 type C domain-containing protein  30.37 
 
 		 159 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0097  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  30.37 
 
 		 159 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4066  F5/8 type C domain-containing protein  29.63 
 
 		 159 aa  58.2  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.639135 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7912  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.14 
 
 		 953 aa  57.4  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.241269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  26.24 
 
 		 226 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  28.73 
 
 		 237 aa  54.7  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0478  GTP-binding protein TypA  27.32 
 
 		 1028 aa  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  24.08 
 
 		 310 aa  52  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1281  hypothetical protein  38.46 
 
 		 430 aa  50.8  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.197658 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4788  coagulation factor 5/8 type domain protein  35 
 
 		 1564 aa  50.4  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.35795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0826  coagulation factor 5/8 type domain protein  26.4 
 
 		 159 aa  49.7  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0155823  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2496  hypothetical protein  46.88 
 
 		 415 aa  49.7  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0810  laminin G  50 
 
 		 433 aa  49.7  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.478954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  60 
 
 		 628 aa  48.9  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0580  hypothetical protein  39.08 
 
 		 253 aa  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.306305  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0830  redoxin domain-containing protein  60.47 
 
 		 329 aa  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0379  protein of unknown function DUF291  31.25 
 
 		 732 aa  48.5  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  44.62 
 
 		 1409 aa  48.1  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2289  peptidase M23B  55.56 
 
 		 457 aa  47.8  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000911471  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3466  SH3 type 3 domain-containing protein  58.54 
 
 		 1281 aa  47.4  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3805  glycoside hydrolase family 18  27.03 
 
 		 801 aa  47.4  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.165252 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5654  Beta-N-acetylhexosaminidase  30.36 
 
 		 756 aa  47.4  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.171925  normal  0.428495 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  27.54 
 
 		 392 aa  47  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0528  hypothetical protein  52.17 
 
 		 431 aa  47  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.617097  normal  0.16882 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0296  glycoside hydrolase family protein  57.45 
 
 		 846 aa  47  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  28.05 
 
 		 301 aa  46.6  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0821  coagulation factor 5/8 type-like protein  26.61 
 
 		 558 aa  46.2  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000172205  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5165  hypothetical protein  43.94 
 
 		 570 aa  45.8  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0452988 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1527  hypothetical protein  42.03 
 
 		 229 aa  45.8  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0816972  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2707  putative lipoprotein  38 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2288  serine/threonine protein kinase  53.7 
 
 		 771 aa  45.8  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000513908 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2810  serine/threonine kinase protein  62.79 
 
 		 1034 aa  45.8  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.855533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0290  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  25 
 
 		 986 aa  45.8  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4824  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  29.46 
 
 		 1117 aa  45.8  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.90345 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1525  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  31.3 
 
 		 695 aa  45.1  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.299502  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0610  coagulation factor 5/8 type domain protein  27.05 
 
 		 159 aa  45.1  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44995  predicted protein  27.97 
 
 		 1217 aa  45.1  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00833272  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1781  SH3 type 3 domain protein  40 
 
 		 489 aa  45.1  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3388  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  52.5 
 
 		 1694 aa  44.7  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3396  hypothetical protein  29.41 
 
 		 433 aa  44.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.494224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4312  coagulation factor 5/8 type domain protein  29 
 
 		 1007 aa  44.7  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.382948  hitchhiker  0.000989115 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1599  Arylsulfotransferase  33.33 
 
 		 562 aa  44.7  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48493  predicted protein  47.06 
 
 		 551 aa  44.3  0.005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0000192267  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1684  serine/threonine protein kinase  49.28 
 
 		 673 aa  44.7  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6675  coagulation factor 5/8 type domain protein  29.63 
 
 		 929 aa  44.3  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.692846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4311  coagulation factor 5/8 type domain protein  29 
 
 		 755 aa  44.7  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0177286  hitchhiker  0.00166201 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1598  hypothetical protein  59.09 
 
 		 675 aa  44.3  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000695683  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1423  hypothetical protein  37.21 
 
 		 295 aa  44.3  0.006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  27.65 
 
 		 268 aa  43.9  0.007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1480  coagulation factor 5/8 type domain protein  32 
 
 		 722 aa  43.5  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4336  alpha amylase catalytic region  42.86 
 
 		 914 aa  43.5  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3777  Beta-N-acetylhexosaminidase  50 
 
 		 408 aa  43.5  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0155235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>