34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3057 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  100 
 
 		 238 aa  493  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  51.12 
 
 		 222 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  48.65 
 
 		 222 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  45.66 
 
 		 227 aa  204  8e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  45.5 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  45.05 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  44.14 
 
 		 222 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  43.64 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  44.14 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  42.67 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  42.54 
 
 		 229 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  40.43 
 
 		 231 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  40 
 
 		 231 aa  164  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  38.05 
 
 		 237 aa  125  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  37.39 
 
 		 240 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  30.53 
 
 		 417 aa  89.7  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  28.95 
 
 		 274 aa  87  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  34.9 
 
 		 417 aa  82  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  29.79 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  30.8 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  28.57 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.5 
 
 		 524 aa  72.8  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  25 
 
 		 1556 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  24.05 
 
 		 1554 aa  68.6  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.37 
 
 		 343 aa  68.6  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  24.36 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  26.04 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  25.89 
 
 		 611 aa  62  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  25.13 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  24.61 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  27.23 
 
 		 301 aa  57  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  23.95 
 
 		 357 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2458  alginate lyase  24.61 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.116563  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  26.49 
 
 		 873 aa  46.2  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>