31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5015 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  100 
 
 		 223 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  91.03 
 
 		 223 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  64.86 
 
 		 222 aa  307  8e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  63.06 
 
 		 222 aa  278  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  62.61 
 
 		 222 aa  276  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  57.73 
 
 		 227 aa  268  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  44.44 
 
 		 223 aa  201  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  44.44 
 
 		 223 aa  201  9e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  42.22 
 
 		 226 aa  192  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  44.14 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  41.74 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  41.74 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  41.74 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  31.53 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  35.93 
 
 		 417 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  32.75 
 
 		 274 aa  108  9.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  35.37 
 
 		 237 aa  101  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  32.75 
 
 		 240 aa  99.4  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.29 
 
 		 524 aa  76.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.2 
 
 		 1554 aa  74.7  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  28.26 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  30.61 
 
 		 1556 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  28.83 
 
 		 611 aa  73.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  31.63 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.9 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  28.31 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  26.84 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  27.71 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  27.24 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  23.53 
 
 		 224 aa  52  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  25 
 
 		 258 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>