37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_23960 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  100 
 
 		 240 aa  497  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  61.04 
 
 		 237 aa  287  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  38.4 
 
 		 229 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  37.39 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  31.69 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  34.2 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  31.82 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  36.91 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  35.02 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  33.76 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  36.05 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  32.75 
 
 		 223 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  32.02 
 
 		 222 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  30.6 
 
 		 227 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  31.78 
 
 		 226 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  31.36 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  29.41 
 
 		 611 aa  69.3  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  29.49 
 
 		 417 aa  65.5  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.71 
 
 		 524 aa  65.5  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  26.23 
 
 		 1556 aa  61.6  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  31.12 
 
 		 417 aa  59.3  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.96 
 
 		 1554 aa  59.3  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  26.85 
 
 		 370 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  27.92 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.89 
 
 		 343 aa  53.9  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  28.62 
 
 		 301 aa  52  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  27.18 
 
 		 264 aa  48.9  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  27.36 
 
 		 224 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  28 
 
 		 224 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  25.81 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  25.81 
 
 		 224 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  32.48 
 
 		 873 aa  45.4  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  24.91 
 
 		 375 aa  44.7  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.94 
 
 		 367 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  30.08 
 
 		 310 aa  43.9  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  33.77 
 
 		 357 aa  43.5  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  25.36 
 
 		 530 aa  41.6  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>