21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3774 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  100 
 
 		 224 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  99.11 
 
 		 224 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  91.52 
 
 		 224 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2458  alginate lyase  61.43 
 
 		 228 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.116563  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  59.38 
 
 		 224 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  30.29 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  32.04 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  26.04 
 
 		 223 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  27.04 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  30.81 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  27.73 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  30.81 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  28.31 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  27.75 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  27.18 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  25.13 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  25.36 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  29.31 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  24.36 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  25.81 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  27.59 
 
 		 1556 aa  46.2  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>