34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0463 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  100 
 
 		 227 aa  470  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  62.1 
 
 		 222 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  60.91 
 
 		 222 aa  285  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  57.27 
 
 		 222 aa  277  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  57.73 
 
 		 223 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  57.73 
 
 		 223 aa  268  7e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  52.65 
 
 		 226 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  45.66 
 
 		 238 aa  204  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  43.56 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  43.11 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  40.87 
 
 		 229 aa  179  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  39.83 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  39.39 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  33.33 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  33.62 
 
 		 370 aa  108  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  34.36 
 
 		 274 aa  108  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  34.06 
 
 		 417 aa  106  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  31.67 
 
 		 1556 aa  99  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  30.6 
 
 		 240 aa  97.1  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  28.57 
 
 		 611 aa  75.9  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  27.63 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.62 
 
 		 524 aa  70.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  27.73 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  26.16 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  27.31 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  31.33 
 
 		 417 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  27.04 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  29.19 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  28.51 
 
 		 343 aa  59.3  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  25.4 
 
 		 1554 aa  55.5  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  25.27 
 
 		 224 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  23.47 
 
 		 367 aa  48.1  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  24.19 
 
 		 530 aa  46.2  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0218  hypothetical protein  32.47 
 
 		 426 aa  41.6  0.01  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>