32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3286 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 343 aa  715    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  51.85 
 
 		 1554 aa  271  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  47.39 
 
 		 524 aa  257  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  47.12 
 
 		 611 aa  237  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.66 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.07 
 
 		 375 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  35.32 
 
 		 417 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  30 
 
 		 530 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  26.91 
 
 		 357 aa  87.4  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  26.95 
 
 		 370 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  29.1 
 
 		 231 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  30.04 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  28.04 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  27.9 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  26.37 
 
 		 238 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  28.94 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  27.47 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  25.47 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11513  putative alginate lyase  26.6 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.291343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  28.57 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  26.89 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  26.89 
 
 		 223 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  28.89 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  27.4 
 
 		 1556 aa  60.1  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  28.51 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  26.52 
 
 		 223 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  22.81 
 
 		 226 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  26.89 
 
 		 240 aa  53.9  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  25 
 
 		 264 aa  52.8  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  24.16 
 
 		 310 aa  51.6  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  23.88 
 
 		 237 aa  43.9  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  24.1 
 
 		 301 aa  43.1  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>