18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3639 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 
375 aa  784    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  52.85 
 
 
367 aa  401  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  55.89 
 
 
530 aa  386  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  52.02 
 
 
357 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11513  putative alginate lyase  35.96 
 
 
348 aa  152  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.291343  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.64 
 
 
524 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  31.68 
 
 
611 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.07 
 
 
343 aa  112  9e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  31.18 
 
 
1554 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  23.17 
 
 
370 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  25.45 
 
 
222 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  20.97 
 
 
310 aa  46.2  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  24.91 
 
 
240 aa  44.7  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  27.98 
 
 
301 aa  44.3  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  24.56 
 
 
1556 aa  43.9  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  24.37 
 
 
222 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  30.99 
 
 
417 aa  43.1  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  24.89 
 
 
417 aa  42.7  0.009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>