41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2547 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  100 
 
 		 611 aa  1242    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  52.9 
 
 		 524 aa  435  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  47.12 
 
 		 343 aa  261  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  48.38 
 
 		 1554 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  33.75 
 
 		 530 aa  154  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  34.74 
 
 		 367 aa  152  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.81 
 
 		 375 aa  139  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  28.62 
 
 		 357 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  33.33 
 
 		 417 aa  98.2  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  31.16 
 
 		 231 aa  87.4  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  27.16 
 
 		 370 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  29.2 
 
 		 231 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  29.67 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  30.36 
 
 		 264 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  29.74 
 
 		 222 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11513  putative alginate lyase  25.75 
 
 		 348 aa  79  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.291343  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  27.94 
 
 		 227 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  30.15 
 
 		 240 aa  79  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  25.71 
 
 		 1556 aa  78.2  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  29.93 
 
 		 223 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  28.62 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  27.9 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  28.99 
 
 		 274 aa  72  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  29.3 
 
 		 222 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  27.9 
 
 		 223 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  29.2 
 
 		 417 aa  70.9  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  38.6 
 
 		 873 aa  70.1  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  27.44 
 
 		 223 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  31.87 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  25.36 
 
 		 238 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  25.56 
 
 		 226 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  28.68 
 
 		 237 aa  62  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3272  hypothetical protein  28.36 
 
 		 552 aa  60.5  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000109169  hitchhiker  0.00653931 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3390  coagulation factor 5/8 type domain protein  31.54 
 
 		 1246 aa  60.5  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.032281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2795  hypothetical protein  36.27 
 
 		 912 aa  58.9  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00123137  hitchhiker  0.0000146968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1503  ATPase  34.48 
 
 		 674 aa  53.9  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000259399  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0034  hypothetical protein  27.04 
 
 		 768 aa  53.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4287  Ricin B lectin  29.38 
 
 		 647 aa  52  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.718232  normal  0.560117 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  24.73 
 
 		 301 aa  45.4  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3709  hypothetical protein  27.52 
 
 		 818 aa  43.9  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.156868 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  23.36 
 
 		 258 aa  43.9  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>