34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2102 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  100 
 
 		 229 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  53.68 
 
 		 231 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  53.25 
 
 		 231 aa  264  8e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  44.98 
 
 		 223 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  44.1 
 
 		 223 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  44.78 
 
 		 222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  45.02 
 
 		 222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  43.48 
 
 		 222 aa  191  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  43.04 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  42.54 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  41.74 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  40.87 
 
 		 227 aa  179  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  37.23 
 
 		 226 aa  159  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  38.4 
 
 		 240 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  37.13 
 
 		 237 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  35.56 
 
 		 370 aa  116  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  34.05 
 
 		 274 aa  109  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  33.91 
 
 		 417 aa  104  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  29.29 
 
 		 1556 aa  86.7  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  30.2 
 
 		 417 aa  79.3  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.27 
 
 		 524 aa  77  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  27.34 
 
 		 611 aa  71.2  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  25.47 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  27.27 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  30.45 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.07 
 
 		 1554 aa  62.4  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  27.18 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  26.67 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  27.18 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  24.32 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  26.92 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  24 
 
 		 357 aa  45.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2458  alginate lyase  25.9 
 
 		 228 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.116563  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  24.91 
 
 		 367 aa  42.4  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>