37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3605 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  100 
 
 		 222 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  94.59 
 
 		 222 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  62.1 
 
 		 227 aa  287  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  63.06 
 
 		 223 aa  284  9e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  62.16 
 
 		 222 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  62.61 
 
 		 223 aa  276  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  46.67 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  48.65 
 
 		 238 aa  206  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  47.32 
 
 		 223 aa  204  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  46.88 
 
 		 223 aa  203  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  44.78 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  43.91 
 
 		 231 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  43.48 
 
 		 231 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  36.12 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  37.99 
 
 		 417 aa  113  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  31.78 
 
 		 370 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  35.68 
 
 		 237 aa  111  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  31.69 
 
 		 240 aa  104  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  34.87 
 
 		 417 aa  84  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  29.71 
 
 		 1556 aa  81.6  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  30.91 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  32.04 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.74 
 
 		 1554 aa  77  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  29 
 
 		 611 aa  76.3  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  32.97 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.47 
 
 		 524 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  31.42 
 
 		 264 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  28.57 
 
 		 343 aa  63.2  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  27.59 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  28.02 
 
 		 301 aa  54.3  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  26.13 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2458  alginate lyase  24.69 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.116563  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  25.45 
 
 		 375 aa  48.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  25.72 
 
 		 367 aa  48.1  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  22.94 
 
 		 530 aa  45.8  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  30.71 
 
 		 873 aa  45.4  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  22.86 
 
 		 357 aa  42.4  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>