19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3645 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  100 
 
 		 357 aa  744    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  57.66 
 
 		 367 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  57.27 
 
 		 530 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  52.02 
 
 		 375 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11513  putative alginate lyase  31.62 
 
 		 348 aa  149  8e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.291343  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.87 
 
 		 524 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  27.18 
 
 		 611 aa  106  7e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.91 
 
 		 343 aa  87.4  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.49 
 
 		 1554 aa  86.7  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  25.78 
 
 		 274 aa  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  26.13 
 
 		 231 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  29.81 
 
 		 264 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  23.08 
 
 		 1556 aa  49.3  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  23.95 
 
 		 238 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  22.82 
 
 		 310 aa  47.4  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  23.59 
 
 		 417 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  24 
 
 		 229 aa  45.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  25.81 
 
 		 231 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  33.77 
 
 		 240 aa  43.5  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>