65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2873 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 1554 aa  3145    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  51.85 
 
 		 343 aa  271  5.9999999999999995e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  51.09 
 
 		 524 aa  265  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  48.38 
 
 		 611 aa  224  9e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  31.29 
 
 		 367 aa  118  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  31.18 
 
 		 375 aa  112  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1235  hypothetical protein  38.89 
 
 		 2024 aa  111  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  28.82 
 
 		 530 aa  105  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  33.03 
 
 		 417 aa  100  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1920  hypothetical protein  33.82 
 
 		 3834 aa  92  8e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  27.49 
 
 		 357 aa  86.7  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3275  leucyl-tRNA synthetase class Ia  26.18 
 
 		 892 aa  84.7  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00291513  normal  0.0104078 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11513  putative alginate lyase  26.98 
 
 		 348 aa  78.2  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.291343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  26.74 
 
 		 222 aa  77  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2527  protein of unknown function DUF1535  33.77 
 
 		 904 aa  75.9  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.776522  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  27.2 
 
 		 223 aa  74.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3285  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 760 aa  74.7  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000203475  normal  0.48487 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  26.1 
 
 		 223 aa  74.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09170  hypothetical protein  36.42 
 
 		 808 aa  73.2  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.887975  normal  0.329696 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1386  hypothetical protein  29.68 
 
 		 966 aa  71.6  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000313408  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  25.64 
 
 		 222 aa  71.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1165  poly(beta-D-mannuronate) lyase  24.22 
 
 		 581 aa  70.5  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.701622  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3103  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  22.37 
 
 		 763 aa  69.7  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  24.05 
 
 		 238 aa  68.6  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4057  hypothetical protein  28.71 
 
 		 910 aa  68.6  0.0000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2545  hypothetical protein  34.27 
 
 		 4120 aa  67.8  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1100  hemolysin-type calcium-binding region  35 
 
 		 2345 aa  68.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.400206 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3223  hypothetical protein  25.2 
 
 		 462 aa  64.7  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.682465  normal  0.039169 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0255  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.28 
 
 		 740 aa  63.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.651298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  28.06 
 
 		 274 aa  63.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2615  CHAP domain-containing protein  32.82 
 
 		 560 aa  62.4  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1750  5'-nucleotidase domain-containing protein  28.42 
 
 		 3977 aa  62  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  26.07 
 
 		 229 aa  62  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  27.08 
 
 		 231 aa  61.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  27.17 
 
 		 231 aa  61.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  25.9 
 
 		 1556 aa  60.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  26.81 
 
 		 223 aa  59.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3640  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  22.99 
 
 		 756 aa  59.7  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0350459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  27.96 
 
 		 240 aa  59.3  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0034  hypothetical protein  27.36 
 
 		 768 aa  58.9  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  27.05 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  26.62 
 
 		 223 aa  57.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  23.36 
 
 		 222 aa  57.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3659  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  21.4 
 
 		 754 aa  57.4  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2801  dystroglycan-type cadherin-like  37.21 
 
 		 671 aa  56.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000577586  decreased coverage  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  24.82 
 
 		 226 aa  56.2  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0719  hypothetical protein  32 
 
 		 818 aa  56.2  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  25.4 
 
 		 227 aa  55.5  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  26.8 
 
 		 370 aa  54.7  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3334  hypothetical protein  28.18 
 
 		 483 aa  55.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.920069  normal  0.792912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  32.12 
 
 		 3619 aa  54.3  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1048  hypothetical protein  36.67 
 
 		 1126 aa  53.9  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00227105  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  31.52 
 
 		 3619 aa  53.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  28.21 
 
 		 237 aa  52.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  23.71 
 
 		 301 aa  52.8  0.00005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  31.45 
 
 		 310 aa  51.2  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3167  S-layer domain-containing protein  32.28 
 
 		 637 aa  51.6  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2066  alginate lyase precursor  23.95 
 
 		 479 aa  50.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.263921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3353  heme peroxidase  30.91 
 
 		 3608 aa  50.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3274  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  29.28 
 
 		 525 aa  48.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000152835  hitchhiker  0.00641941 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1026  C-type lectin  36.49 
 
 		 4379 aa  47.8  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0789  hypothetical protein  23.74 
 
 		 506 aa  47.8  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0791  heme peroxidase  25.87 
 
 		 2950 aa  47.8  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11518  putative alginate lyase precursor  22.75 
 
 		 771 aa  46.6  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0373  hypothetical protein  26.15 
 
 		 496 aa  46.6  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.154623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>