22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2129 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  100 
 
 		 224 aa  463  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  91.52 
 
 		 224 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  90.62 
 
 		 224 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2458  alginate lyase  60.54 
 
 		 228 aa  288  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.116563  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  59.38 
 
 		 224 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  31.53 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  30.91 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  27.08 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  27.55 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  26.16 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  28.27 
 
 		 222 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  29.29 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  27.83 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  29.29 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  24.36 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  26.84 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  28.42 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  26.67 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  27.36 
 
 		 240 aa  48.9  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  25.9 
 
 		 274 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  22.89 
 
 		 226 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  23.63 
 
 		 264 aa  45.4  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>