279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1260 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1260  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 434 aa  859    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.285759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0527  sigma-54, RpoN  88.71 
 
 		 434 aa  744    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.342184  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2179  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  88.02 
 
 		 434 aa  745    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.570526  normal  0.0685307 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.65 
 
 		 441 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  42.59 
 
 		 444 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.35 
 
 		 438 aa  275  8e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3606  Sigma54-2 (RNA polymerase sigma-54 factor)  41.8 
 
 		 432 aa  259  9e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3292  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.9 
 
 		 432 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0316034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3654  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.69 
 
 		 431 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2867  sigma-54 factor family protein  40.74 
 
 		 424 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.147867  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  31.71 
 
 		 464 aa  231  1e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  31.49 
 
 		 464 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.28 
 
 		 470 aa  231  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  33.12 
 
 		 489 aa  230  5e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  34.87 
 
 		 490 aa  229  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1513  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.08 
 
 		 424 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.142275 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  36.63 
 
 		 504 aa  229  6e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  32.55 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 500 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 500 aa  226  7e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  31.93 
 
 		 461 aa  226  8e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  31.87 
 
 		 489 aa  225  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  38.76 
 
 		 513 aa  225  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 500 aa  225  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  31.13 
 
 		 477 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  31.9 
 
 		 497 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.23 
 
 		 515 aa  223  4e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 493 aa  223  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  32.78 
 
 		 497 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  37.43 
 
 		 482 aa  220  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  37.17 
 
 		 519 aa  221  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  30.7 
 
 		 477 aa  221  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 		 491 aa  220  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  36.83 
 
 		 545 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.08 
 
 		 466 aa  220  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.42 
 
 		 482 aa  220  5e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 497 aa  219  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 497 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 497 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.6 
 
 		 510 aa  219  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  32.84 
 
 		 487 aa  218  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  36.66 
 
 		 511 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  31.11 
 
 		 487 aa  218  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  31.29 
 
 		 497 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  31.91 
 
 		 477 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  32.06 
 
 		 477 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  32.31 
 
 		 497 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  35.87 
 
 		 489 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  31.29 
 
 		 511 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  35.04 
 
 		 507 aa  215  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.19 
 
 		 526 aa  215  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.26 
 
 		 520 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  35.67 
 
 		 497 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  35.41 
 
 		 553 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 546 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  33.47 
 
 		 484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  32.49 
 
 		 482 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  30.97 
 
 		 477 aa  213  4.9999999999999996e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  30.97 
 
 		 477 aa  213  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  30.97 
 
 		 477 aa  213  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  37.11 
 
 		 546 aa  212  9e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  31.57 
 
 		 478 aa  212  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.75 
 
 		 516 aa  212  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  35.29 
 
 		 491 aa  212  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 		 492 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 		 492 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 		 492 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  35.16 
 
 		 548 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  36.39 
 
 		 520 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  36.54 
 
 		 493 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  30.92 
 
 		 477 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.34 
 
 		 484 aa  211  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  29.48 
 
 		 493 aa  210  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 		 492 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  35.16 
 
 		 493 aa  211  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026352 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  36.69 
 
 		 493 aa  211  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  30.96 
 
 		 435 aa  209  5e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.41 
 
 		 497 aa  210  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  34.83 
 
 		 487 aa  209  7e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.46 
 
 		 505 aa  209  7e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  32.51 
 
 		 505 aa  209  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.55 
 
 		 511 aa  209  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  36.83 
 
 		 543 aa  207  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.56 
 
 		 491 aa  208  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  34.63 
 
 		 491 aa  207  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  34.78 
 
 		 491 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  33.55 
 
 		 461 aa  207  4e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>