279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3654 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3606  Sigma54-2 (RNA polymerase sigma-54 factor)  79.86 
 
 		 432 aa  647    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3292  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  79.62 
 
 		 432 aa  644    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0316034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3654  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  100 
 
 		 431 aa  845    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.29 
 
 		 441 aa  279  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.66 
 
 		 438 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1260  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.79 
 
 		 434 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.285759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  42.43 
 
 		 444 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2179  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.38 
 
 		 434 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.570526  normal  0.0685307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0527  sigma-54, RpoN  41.61 
 
 		 434 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.342184  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2867  sigma-54 factor family protein  46.59 
 
 		 424 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.147867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1513  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  46.02 
 
 		 424 aa  250  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.142275 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  37.3 
 
 		 513 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  39.84 
 
 		 484 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  37.65 
 
 		 482 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  32.99 
 
 		 477 aa  217  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  36.36 
 
 		 519 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  33.25 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  30.59 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  35.08 
 
 		 497 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  30.8 
 
 		 477 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  30.8 
 
 		 477 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  30.8 
 
 		 477 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  30.8 
 
 		 477 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  35.89 
 
 		 497 aa  212  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  30.8 
 
 		 477 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 		 500 aa  212  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 497 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  37.16 
 
 		 500 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 497 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 489 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  35.84 
 
 		 520 aa  211  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  38.8 
 
 		 498 aa  209  9e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  34.53 
 
 		 497 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  35.36 
 
 		 497 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  35.42 
 
 		 497 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  35.48 
 
 		 513 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  34.25 
 
 		 511 aa  207  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  36.16 
 
 		 497 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  33.24 
 
 		 482 aa  206  6e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  33.43 
 
 		 477 aa  205  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  38.17 
 
 		 493 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  33.43 
 
 		 477 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  33.33 
 
 		 489 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  33.24 
 
 		 477 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  33.24 
 
 		 477 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  33.78 
 
 		 491 aa  203  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  37.6 
 
 		 545 aa  203  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  31.97 
 
 		 477 aa  203  6e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.24 
 
 		 526 aa  202  7e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.19 
 
 		 508 aa  202  8e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  33.7 
 
 		 477 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 		 546 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  37.11 
 
 		 504 aa  199  6e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  35.14 
 
 		 508 aa  199  7.999999999999999e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 		 548 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  34.96 
 
 		 553 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  34.41 
 
 		 511 aa  199  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  34.03 
 
 		 475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.86 
 
 		 456 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.03 
 
 		 475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.98 
 
 		 491 aa  197  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  37.17 
 
 		 507 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  31.44 
 
 		 437 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000225777  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  32.89 
 
 		 507 aa  196  5.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 478 aa  196  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  32.32 
 
 		 505 aa  196  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  35.08 
 
 		 488 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.34 
 
 		 515 aa  194  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.35 
 
 		 489 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.06 
 
 		 518 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  36.31 
 
 		 546 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  34.51 
 
 		 484 aa  193  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  34.98 
 
 		 492 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  34.98 
 
 		 492 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  34.98 
 
 		 492 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  32.96 
 
 		 487 aa  192  8e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  34.98 
 
 		 492 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.6 
 
 		 528 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  37.25 
 
 		 500 aa  192  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2226  sigma-54 RpoN  35.47 
 
 		 477 aa  192  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  34.6 
 
 		 491 aa  192  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3140  RNA polymerase factor sigma-54  33.72 
 
 		 435 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.62 
 
 		 497 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  34.64 
 
 		 493 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.58 
 
 		 520 aa  191  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  35.2 
 
 		 491 aa  190  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 		 546 aa  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  35.2 
 
 		 491 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000180568  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 497 aa  189  8e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 491 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.46 
 
 		 511 aa  189  8e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.69 
 
 		 512 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>