279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_3140 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_3140  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
435 aa  875    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  64.22 
 
 
437 aa  591  1e-168  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000225777  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5696  RNA polymerase factor sigma-54  43.45 
 
 
435 aa  352  5.9999999999999994e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5256  RNA polymerase factor sigma-54  43.22 
 
 
435 aa  351  1e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.584318  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5245  RNA polymerase factor sigma-54  42.99 
 
 
435 aa  350  2e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5291  RNA polymerase factor sigma-54  42.99 
 
 
435 aa  350  2e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4821  RNA polymerase factor sigma-54  42.99 
 
 
435 aa  350  3e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4992  RNA polymerase factor sigma-54  42.99 
 
 
435 aa  350  4e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5372  RNA polymerase factor sigma-54  42.99 
 
 
435 aa  350  4e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4831  RNA polymerase factor sigma-54  42.99 
 
 
435 aa  349  6e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.623115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5227  RNA polymerase factor sigma-54  42.99 
 
 
435 aa  349  6e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4934  RNA polymerase factor sigma-54  42.07 
 
 
454 aa  342  9e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  41.47 
 
 
435 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.44 
 
 
453 aa  301  1e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.91 
 
 
470 aa  287  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.59 
 
 
472 aa  286  4e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  35.01 
 
 
461 aa  285  1.0000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1513  RNA polymerase factor sigma-54  34.79 
 
 
461 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2020  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.19 
 
 
479 aa  269  8e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  35.74 
 
 
481 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  37.36 
 
 
461 aa  266  7e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  40 
 
 
461 aa  265  1e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15850  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.33 
 
 
436 aa  259  8e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.01 
 
 
480 aa  256  5e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  41.08 
 
 
499 aa  256  6e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  34.25 
 
 
474 aa  256  6e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.87 
 
 
477 aa  254  3e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1283  sigma-54 (RpoN)  34.57 
 
 
483 aa  254  3e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990086 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  40.78 
 
 
493 aa  253  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2972  RNA polymerase, sigma-54 subunit, RpoN  33.26 
 
 
481 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000649238  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2654  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.31 
 
 
522 aa  251  2e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.663778  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  40.5 
 
 
492 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  34.36 
 
 
485 aa  249  8e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  39.83 
 
 
503 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  39.83 
 
 
503 aa  247  3e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  34.59 
 
 
513 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.3 
 
 
482 aa  246  4e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.55 
 
 
494 aa  246  4e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.76 
 
 
479 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  38.06 
 
 
508 aa  246  6e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  34.59 
 
 
513 aa  246  8e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  34.39 
 
 
513 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  34.39 
 
 
502 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  34.39 
 
 
513 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  34.39 
 
 
502 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  34.39 
 
 
502 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  34.39 
 
 
502 aa  244  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  36.91 
 
 
488 aa  243  3e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.66 
 
 
510 aa  242  7e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  38.2 
 
 
465 aa  242  1e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.17 
 
 
475 aa  241  2e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0670  RNA polymerase factor sigma-54  39.29 
 
 
446 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.702402  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  39.61 
 
 
498 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  39.61 
 
 
498 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  39.61 
 
 
501 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0756  RNA polymerase factor sigma-54  38.38 
 
 
463 aa  238  1e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 
505 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3390  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.63 
 
 
515 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.42 
 
 
520 aa  238  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0382133 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.14 
 
 
476 aa  238  2e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.132062  hitchhiker  0.000751094 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.61 
 
 
474 aa  237  3e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  38.61 
 
 
488 aa  237  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  39.56 
 
 
500 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  33.68 
 
 
482 aa  237  4e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  38.14 
 
 
497 aa  237  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.95 
 
 
508 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  38.23 
 
 
503 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
501 aa  236  6e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  39.06 
 
 
501 aa  236  6e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.91 
 
 
497 aa  236  8e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0974  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.52 
 
 
474 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  39.34 
 
 
501 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  32.08 
 
 
464 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  32.3 
 
 
464 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 
500 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 
500 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.21 
 
 
501 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  32.01 
 
 
501 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  38.08 
 
 
505 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.21 
 
 
501 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2995  RNA polymerase factor sigma-54  39.17 
 
 
491 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342471  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3119  RNA polymerase factor sigma-54  39.17 
 
 
491 aa  233  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.194904  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1345  RNA polymerase factor sigma-54  39.17 
 
 
491 aa  233  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  38.78 
 
 
501 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0869  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.24 
 
 
515 aa  233  7.000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  36.04 
 
 
487 aa  231  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  37.5 
 
 
507 aa  231  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0954  RNA polymerase factor sigma-54  41.69 
 
 
474 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  34.17 
 
 
489 aa  230  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  32.93 
 
 
497 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  36.96 
 
 
497 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  36.96 
 
 
497 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4312  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.74 
 
 
501 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.267881 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4719  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.19 
 
 
467 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00408234  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  35.97 
 
 
497 aa  228  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.19 
 
 
477 aa  228  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  34.83 
 
 
478 aa  228  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  37.27 
 
 
490 aa  228  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.98 
 
 
477 aa  227  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  36.71 
 
 
489 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>