279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2867 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1513  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  97.17 
 
 		 424 aa  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.142275 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2867  sigma-54 factor family protein  100 
 
 		 424 aa  812    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.147867  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.95 
 
 		 441 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3292  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.71 
 
 		 432 aa  231  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0316034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3654  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  45.93 
 
 		 431 aa  229  9e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0527  sigma-54, RpoN  39.91 
 
 		 434 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.342184  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2179  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.44 
 
 		 434 aa  227  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.570526  normal  0.0685307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  39.4 
 
 		 444 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3606  Sigma54-2 (RNA polymerase sigma-54 factor)  42.71 
 
 		 432 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.4 
 
 		 438 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1260  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.81 
 
 		 434 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.285759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  35.85 
 
 		 497 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  34.24 
 
 		 497 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  32.51 
 
 		 497 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  32.51 
 
 		 497 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  32.51 
 
 		 489 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  32.51 
 
 		 497 aa  203  6e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  33.17 
 
 		 497 aa  202  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  32.52 
 
 		 497 aa  203  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  32.51 
 
 		 511 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  36.39 
 
 		 508 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  34.79 
 
 		 488 aa  199  6e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  34.74 
 
 		 497 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  36.39 
 
 		 513 aa  196  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.08 
 
 		 526 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  35.57 
 
 		 482 aa  195  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  36.13 
 
 		 553 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2226  sigma-54 RpoN  37.7 
 
 		 477 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  36.84 
 
 		 493 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 513 aa  194  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  35.34 
 
 		 504 aa  193  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  31.74 
 
 		 477 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.46 
 
 		 477 aa  192  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 477 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 477 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 477 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  31.74 
 
 		 477 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 477 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 477 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 477 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  36.75 
 
 		 500 aa  189  9e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  32.78 
 
 		 507 aa  189  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  36.75 
 
 		 500 aa  188  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.81 
 
 		 497 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  34.41 
 
 		 488 aa  187  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  36.31 
 
 		 545 aa  186  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  31.92 
 
 		 491 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  36.26 
 
 		 546 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  31.92 
 
 		 489 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  35.46 
 
 		 511 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  36.15 
 
 		 478 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  33.82 
 
 		 501 aa  183  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  34.96 
 
 		 548 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 477 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  30.34 
 
 		 477 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.34 
 
 		 516 aa  182  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 477 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  36.16 
 
 		 505 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  33.9 
 
 		 501 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  31.56 
 
 		 487 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  36.26 
 
 		 543 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  31.93 
 
 		 478 aa  180  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  34.57 
 
 		 519 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  179  7e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 477 aa  179  8e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  32.57 
 
 		 482 aa  179  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  31.18 
 
 		 477 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  35.41 
 
 		 546 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.36 
 
 		 511 aa  179  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  34.38 
 
 		 489 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  35.43 
 
 		 520 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  34.84 
 
 		 546 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 		 501 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 		 498 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 		 498 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  35.03 
 
 		 501 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  36.08 
 
 		 505 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.48 
 
 		 520 aa  177  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  33.33 
 
 		 507 aa  177  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  33.25 
 
 		 501 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  33.25 
 
 		 502 aa  176  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.09 
 
 		 511 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  30.68 
 
 		 501 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.96 
 
 		 515 aa  175  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3119  RNA polymerase factor sigma-54  36.49 
 
 		 491 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.194904  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2995  RNA polymerase factor sigma-54  36.49 
 
 		 491 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342471  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.68 
 
 		 501 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1345  RNA polymerase factor sigma-54  36.49 
 
 		 491 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 492 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  33.01 
 
 		 513 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.68 
 
 		 525 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  35.8 
 
 		 503 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  33.01 
 
 		 513 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>