279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3606 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3606  Sigma54-2 (RNA polymerase sigma-54 factor)  100 
 
 		 432 aa  852    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3292  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  98.61 
 
 		 432 aa  837    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0316034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3654  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  79.9 
 
 		 431 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.55 
 
 		 441 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.09 
 
 		 438 aa  262  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  41.86 
 
 		 444 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1260  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.88 
 
 		 434 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.285759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2179  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.37 
 
 		 434 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.570526  normal  0.0685307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0527  sigma-54, RpoN  39.91 
 
 		 434 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.342184  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2867  sigma-54 factor family protein  42.82 
 
 		 424 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.147867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1513  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.04 
 
 		 424 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.142275 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  35.6 
 
 		 513 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  36.57 
 
 		 482 aa  213  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  37.57 
 
 		 484 aa  213  5.999999999999999e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 500 aa  209  9e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  35.9 
 
 		 500 aa  208  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  32.77 
 
 		 511 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 477 aa  202  7e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  33.96 
 
 		 497 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  37.4 
 
 		 507 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  34.5 
 
 		 489 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  33.61 
 
 		 477 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  35.08 
 
 		 497 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  34.5 
 
 		 497 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  34.5 
 
 		 497 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  35.64 
 
 		 497 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2965  RNA polymerase factor sigma-54  31.66 
 
 		 437 aa  199  7e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000225777  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  33.96 
 
 		 497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  34.63 
 
 		 546 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.93 
 
 		 516 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 		 519 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  37.01 
 
 		 498 aa  196  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.12 
 
 		 466 aa  196  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.73 
 
 		 491 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  34.23 
 
 		 497 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  33.73 
 
 		 545 aa  196  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.42 
 
 		 508 aa  196  9e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  36.01 
 
 		 493 aa  195  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  32.24 
 
 		 477 aa  195  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  33.7 
 
 		 497 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  33.52 
 
 		 553 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  35.52 
 
 		 520 aa  193  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  34.07 
 
 		 548 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  31.9 
 
 		 482 aa  192  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.21 
 
 		 515 aa  192  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  34.16 
 
 		 504 aa  191  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.18 
 
 		 520 aa  191  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  33.51 
 
 		 508 aa  190  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  34.5 
 
 		 488 aa  190  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  34.36 
 
 		 493 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  35.31 
 
 		 500 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  35.52 
 
 		 546 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  34.32 
 
 		 546 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  33.92 
 
 		 477 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  31.15 
 
 		 477 aa  186  6e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  36.01 
 
 		 513 aa  186  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  32.69 
 
 		 489 aa  186  7e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  32.74 
 
 		 501 aa  186  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  186  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.26 
 
 		 528 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  32.69 
 
 		 491 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.7 
 
 		 524 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  33.23 
 
 		 478 aa  184  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  32.74 
 
 		 501 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  33.8 
 
 		 492 aa  184  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  30.2 
 
 		 505 aa  183  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  33.67 
 
 		 501 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.45 
 
 		 526 aa  184  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.44 
 
 		 518 aa  183  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  36.13 
 
 		 499 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  34.06 
 
 		 492 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  34.06 
 
 		 492 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.44 
 
 		 512 aa  182  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.44 
 
 		 456 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  30.24 
 
 		 461 aa  182  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3140  RNA polymerase factor sigma-54  33.03 
 
 		 435 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  35.46 
 
 		 503 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  34.72 
 
 		 502 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  34.06 
 
 		 492 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  34.06 
 
 		 492 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  32.88 
 
 		 503 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  32.88 
 
 		 505 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  31.97 
 
 		 501 aa  180  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  35.2 
 
 		 511 aa  180  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  33.43 
 
 		 513 aa  180  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  32.82 
 
 		 498 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  32.82 
 
 		 498 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>