More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5448 on replicon NC_012851
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  100 
 
 		 577 aa  1133    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  98.96 
 
 		 577 aa  1125    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  35.61 
 
 		 618 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  35.06 
 
 		 618 aa  239  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  32.53 
 
 		 565 aa  206  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  34.16 
 
 		 580 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  35.52 
 
 		 770 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.33 
 
 		 616 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  32.63 
 
 		 716 aa  193  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  32.23 
 
 		 704 aa  192  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  32.23 
 
 		 704 aa  192  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  33.5 
 
 		 588 aa  191  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  32.3 
 
 		 733 aa  187  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  31.67 
 
 		 559 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  30.81 
 
 		 566 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  30.94 
 
 		 580 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  31.89 
 
 		 526 aa  180  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  30.6 
 
 		 578 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  31.07 
 
 		 578 aa  179  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  31.02 
 
 		 575 aa  178  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  31.21 
 
 		 563 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  34.19 
 
 		 630 aa  177  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  31.87 
 
 		 578 aa  177  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  31.27 
 
 		 565 aa  177  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  31.27 
 
 		 565 aa  177  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  31.27 
 
 		 565 aa  177  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  31.27 
 
 		 565 aa  177  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  31.87 
 
 		 578 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  30.8 
 
 		 563 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  29.32 
 
 		 565 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  29.32 
 
 		 565 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  30.37 
 
 		 563 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  29.83 
 
 		 578 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  32.83 
 
 		 527 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  31.16 
 
 		 559 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  31 
 
 		 559 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  30.91 
 
 		 557 aa  160  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  30.86 
 
 		 566 aa  159  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  30.69 
 
 		 559 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  31.44 
 
 		 710 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  33 
 
 		 442 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  31.41 
 
 		 507 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  30.52 
 
 		 566 aa  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  33.5 
 
 		 421 aa  151  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  32.36 
 
 		 394 aa  140  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  30.88 
 
 		 422 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  41.86 
 
 		 222 aa  139  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  34.12 
 
 		 411 aa  139  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  32.76 
 
 		 428 aa  136  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  31.11 
 
 		 420 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  31.69 
 
 		 609 aa  131  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  31.36 
 
 		 398 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  31.11 
 
 		 398 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  31.11 
 
 		 398 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  27.8 
 
 		 624 aa  126  9e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  28.64 
 
 		 732 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  32.99 
 
 		 399 aa  123  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  32.81 
 
 		 397 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  32.81 
 
 		 397 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  32.81 
 
 		 397 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  32.81 
 
 		 397 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  32.31 
 
 		 397 aa  121  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  30 
 
 		 609 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  32.28 
 
 		 417 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  28.44 
 
 		 734 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  26.02 
 
 		 376 aa  91.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  28.23 
 
 		 420 aa  89.7  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  30.16 
 
 		 797 aa  86.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  28.08 
 
 		 527 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  29.19 
 
 		 495 aa  79.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  29.53 
 
 		 495 aa  75.5  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  26.86 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  25.21 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  29.75 
 
 		 490 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 306 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 306 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7607  phage integrase family protein  29.78 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.484677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.42 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  21.41 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  26.27 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.27 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.27 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.27 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.27 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.27 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  26.27 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.27 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.85 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  21.56 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  26.59 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  26.57 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  20.74 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.8 
 
 		 315 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  25.24 
 
 		 299 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  25.4 
 
 		 299 aa  60.1  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  35.66 
 
 		 398 aa  59.7  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  35.14 
 
 		 332 aa  60.1  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  25.12 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>