224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1903 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1903  hypothetical protein  100 
 
 
245 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2751  hypothetical protein  72.38 
 
 
240 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3388  hypothetical protein  53.36 
 
 
255 aa  284  9e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0628245  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39990  hypothetical protein  52.94 
 
 
255 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4807  fatty acid hydroxylase  38.91 
 
 
249 aa  182  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0951  hypothetical protein  40.44 
 
 
244 aa  177  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1233  methyltransferase type 11  37.02 
 
 
526 aa  155  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.153132  normal  0.111718 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1393  sterol desaturase  31.18 
 
 
272 aa  87.8  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.015069  normal  0.782198 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1574  sterol desaturase, putative  32.16 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0147058  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01793  putative C-5 sterol desaturase  31.18 
 
 
265 aa  79  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.14977  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0136  hypothetical protein  30.38 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.45703  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2963  putative sterol desaturase  32.21 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1140  hypothetical protein  32.58 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.132577  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1390  membrane protein  31.48 
 
 
267 aa  76.3  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104354  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1443  fatty acid hydroxylase  32.28 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000016954  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1138  sterol desaturase-like protein  32.4 
 
 
304 aa  76.3  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.713792  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1104  sterol desaturase-related protein  29.58 
 
 
278 aa  75.5  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0432208  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0972  putative sterol desaturase  33.1 
 
 
272 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00895829 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0365  fatty acid hydroxylase  29.82 
 
 
274 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3510  sterol desaturase  35.56 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.695011 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3261  hypothetical protein  31.36 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0633506  hitchhiker  0.0000000000915879 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1983  fatty acid hydroxylase  28.24 
 
 
272 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3919  hypothetical protein  28.06 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0425418  normal  0.393251 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02945  sterol desaturase-related protein  32.6 
 
 
267 aa  72.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0427  sterol desaturase-like protein  29.44 
 
 
295 aa  72.4  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.27499  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1960  sterol desaturase-related protein  30.86 
 
 
283 aa  72.4  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.342543  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1116  fatty acid hydroxylase  31.48 
 
 
258 aa  70.1  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0617  fatty acid hydroxylase  31.78 
 
 
284 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0389  sterol desaturase  27.51 
 
 
279 aa  68.9  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4042  fatty acid hydroxylase  28.05 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95273  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3766  fatty acid hydroxylase  28.05 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.288136  normal  0.422159 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1362  fatty acid hydroxylase  32.82 
 
 
257 aa  68.2  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000314622  normal  0.441838 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0242  hypothetical protein  29.55 
 
 
325 aa  67.4  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0287  sterol desaturase-like protein  32.93 
 
 
287 aa  67.4  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.897379 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7012  fatty acid hydroxylase  31.52 
 
 
321 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003512  sterol desaturase  30.69 
 
 
273 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000349  sterol desaturase family protein  27.44 
 
 
285 aa  64.3  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11823  probable transmembrane protein  32.91 
 
 
291 aa  64.7  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5462  sterol desaturase-like  30.97 
 
 
324 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02255  hypothetical protein  28.9 
 
 
281 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3600  hypothetical protein  35.21 
 
 
328 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3994  fatty acid hydroxylase  32.85 
 
 
256 aa  63.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000572359 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3816  sterol desaturase  30.89 
 
 
380 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2320  fatty acid hydroxylase  34.04 
 
 
276 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1810  sterol desaturase-related protein  32.24 
 
 
386 aa  63.2  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0163387  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3910  fatty acid hydroxylase  32.88 
 
 
256 aa  63.2  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0633105  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0540  fatty acid hydroxylase  30.67 
 
 
288 aa  62.8  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1326  sterol desaturase-related protein  29.79 
 
 
270 aa  62.4  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2783  hypothetical protein  33.14 
 
 
321 aa  62  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292274 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5219  hypothetical protein  32.26 
 
 
431 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.89438  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1012  hypothetical protein  32.54 
 
 
337 aa  62  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5924  sterol desaturase-like  30.12 
 
 
324 aa  62  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2153  sterol desaturase-like protein  30.12 
 
 
324 aa  62  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135202  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0651  putative transmembrane protein  27.55 
 
 
373 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3618  hypothetical protein  29.19 
 
 
274 aa  61.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.246292  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0647  fatty acid hydroxylase  27.55 
 
 
373 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5005  fatty acid hydroxylase  32.34 
 
 
326 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0624  putative transmembrane protein  27.55 
 
 
374 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5128  sterol desaturase-like protein  30.92 
 
 
431 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3738  putative transmembrane protein  27.55 
 
 
301 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4620  fatty acid hydroxylase  31.25 
 
 
288 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2171  fatty acid hydroxylase  29.52 
 
 
324 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.689731 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4808  fatty acid hydroxylase  32.64 
 
 
408 aa  60.5  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0968431  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2296  fatty acid hydroxylase  31.07 
 
 
292 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0175363 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5280  fatty acid hydroxylase  31.97 
 
 
431 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06161  C-5 sterol desaturase  29.25 
 
 
271 aa  60.8  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7026  hypothetical protein  33.33 
 
 
275 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0170073  normal  0.638792 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1840  hypothetical protein  29.34 
 
 
329 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.194533  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6885  fatty acid hydroxylase  31.33 
 
 
413 aa  59.7  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1118  fatty acid hydroxylase  28.31 
 
 
325 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.325858  normal  0.912027 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1804  hypothetical protein  29.92 
 
 
320 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000255396 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5042  fatty acid hydroxylase  29.86 
 
 
431 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.373199  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3509  sterol desaturase-like protein  27.54 
 
 
426 aa  58.9  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.804962  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1232  YhhN family protein  30.87 
 
 
626 aa  58.9  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.957464  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0045  hypothetical protein  31.88 
 
 
291 aa  58.5  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2554  fatty acid hydroxylase  31.16 
 
 
283 aa  58.5  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0421703  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2774  hypothetical protein  28.48 
 
 
329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2063  fatty acid hydroxylase  26.53 
 
 
324 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.589022  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6645  fatty acid hydroxylase  31.91 
 
 
305 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00730628  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2190  sterol desaturase-like protein  26.53 
 
 
324 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1941  fatty acid hydroxylase  29.82 
 
 
268 aa  58.2  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0823241  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2098  sterol desaturase  30.6 
 
 
374 aa  58.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.520582  normal  0.627756 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2257  hypothetical protein  28.48 
 
 
329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.648004  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3063  hypothetical protein  28.48 
 
 
329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00223094  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2639  hypothetical protein  28.48 
 
 
329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173058  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2695  hypothetical protein  28.48 
 
 
329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.231759  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1528  hypothetical protein  28.48 
 
 
329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0526335  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2362  sterol desaturase-like protein  23.58 
 
 
278 aa  57.4  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.266263  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0910  sterol desaturase-like  31.94 
 
 
302 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3724  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  31.11 
 
 
312 aa  57.4  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4626  fatty acid hydroxylase  30.94 
 
 
401 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0758609  hitchhiker  0.00836397 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4333  sterol desaturase-like protein  28.36 
 
 
407 aa  57.4  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4494  fatty acid hydroxylase  30.94 
 
 
401 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.007915  normal  0.118809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4495  fatty acid hydroxylase  30.99 
 
 
402 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.537793 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1204  sterol desaturase-like protein  32.88 
 
 
315 aa  57  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1439  hypothetical protein  29.35 
 
 
328 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0347  fatty acid hydroxylase  26.5 
 
 
293 aa  57  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0827  fatty acid hydroxylase  30.99 
 
 
289 aa  56.6  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4274  hypothetical protein  26.71 
 
 
412 aa  56.6  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01698  hypothetical protein  30.22 
 
 
385 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0386662  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>