More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0620 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5262  OmpA/MotB  73.6 
 
 		 575 aa  772    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0620  OmpA/MotB  100 
 
 		 572 aa  1132    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0730827 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3646  OmpA/MotB domain-containing protein  38.74 
 
 		 587 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0730  OmpA domain-containing protein  34.27 
 
 		 578 aa  211  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2507  OmpA domain-containing protein  34.09 
 
 		 578 aa  210  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0802  OmpA/MotB domain-containing protein  34.21 
 
 		 578 aa  210  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6672  OmpA/MotB domain-containing protein  34.71 
 
 		 552 aa  208  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.263605 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0781  OmpA domain-containing protein  32.03 
 
 		 573 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3127  OmpA domain-containing protein  31.91 
 
 		 550 aa  200  7e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3257  OmpA/MotB domain-containing protein  33.81 
 
 		 576 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3029  OmpA/MotB domain-containing protein  34.27 
 
 		 555 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1787  OmpA/MotB domain-containing protein  33.59 
 
 		 569 aa  197  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0120  hypothetical protein  30.45 
 
 		 558 aa  177  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1604  OmpA family protein  29.1 
 
 		 558 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395642  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0155  OmpA family protein  28.92 
 
 		 558 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0131  OmpA family protein  31.15 
 
 		 542 aa  157  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3241  OmpA/MotB domain-containing protein  46.77 
 
 		 383 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.809781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2703  OmpA domain-containing protein  36.62 
 
 		 560 aa  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.74535  normal  0.0183644 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1467  OmpA/MotB domain-containing protein  36.62 
 
 		 560 aa  100  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.459953  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1355  OmpA domain-containing protein  36.62 
 
 		 560 aa  100  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1570  OmpA/MotB domain-containing protein  50 
 
 		 498 aa  91.7  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583575 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1654  OmpA/MotB domain-containing protein  42.24 
 
 		 344 aa  87.4  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000122259  normal  0.141809 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0482  OmpA family outer membrane protein  40.38 
 
 		 620 aa  83.6  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.83961  normal  0.790259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4113  OmpA/MotB  41.75 
 
 		 270 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.264738 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  40.71 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0285  hypothetical protein  43 
 
 		 364 aa  81.3  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000131916  decreased coverage  0.000000274042 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3309  OmpA/MotB  40.17 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1196  OmpA/MotB domain-containing protein  40.35 
 
 		 459 aa  80.1  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0181  OmpA/MotB domain protein  35.9 
 
 		 428 aa  80.1  0.00000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000218101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4198  OmpA/MotB domain protein  40.57 
 
 		 270 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1655  OmpA/MotB domain-containing protein  40.57 
 
 		 270 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1152  OmpA family protein  40.91 
 
 		 233 aa  80.1  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000620554  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0280  OmpA/MotB domain-containing protein  40.95 
 
 		 215 aa  79.7  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0488759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1999  OmpA/MotB  39.81 
 
 		 271 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.411511  normal  0.0868919 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2042  OmpA/MotB  42.31 
 
 		 286 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6702  OmpA/MotB domain protein  43.59 
 
 		 266 aa  79  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3770  OmpA/MotB domain-containing protein  40.57 
 
 		 270 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  41.86 
 
 		 466 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0282  OmpA/MotB domain protein  39.25 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000802819  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1338  OmpA family protein  39.32 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2768  OmpA/MotB  38.84 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.961309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2254  outer membrane protein  42.45 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0127  OmpA/MotB domain protein  42.59 
 
 		 364 aa  77  0.0000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1537  OmpA/MotB domain protein  40.54 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  38.68 
 
 		 429 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0553  OmpA/MotB domain-containing protein  38.68 
 
 		 224 aa  76.6  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1671  OmpA/MotB domain-containing protein  41.96 
 
 		 229 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2008  outer membrane protein  38.14 
 
 		 509 aa  75.9  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.206588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2054  lipoprotein PG3  36.52 
 
 		 223 aa  75.1  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0950809 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2702  OmpA/MotB domain-containing protein  39.81 
 
 		 270 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.248823  normal  0.0593962 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5036  ompA family protein  40.38 
 
 		 222 aa  75.1  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2189  ompA family protein  38.83 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  51.47 
 
 		 376 aa  75.1  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0675  OmpA  38.02 
 
 		 212 aa  75.5  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0626  OmpA/MotB domain protein  34.22 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153451  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26560  putative outer membrane protein precursor  41.51 
 
 		 269 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.304401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6364  OmpA/MotB domain-containing protein  40 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.1144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2532  OmpA/MotB  37.5 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000651702  n/a   
 
 
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  49.37 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1157  OmpA/MotB domain-containing protein  44.44 
 
 		 506 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0644  OmpA/MotB domain protein  34.68 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.927259  normal  0.0953573 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3624  OmpA/MotB domain-containing protein  39.32 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0928297  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  36.8 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000706819  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1689  OmpA family protein  39.84 
 
 		 352 aa  74.3  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000195152  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0746  V-type H(+)-translocating pyrophosphatase  38.89 
 
 		 890 aa  74.3  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.34227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1035  OmpA/MotB domain protein  35.19 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  46.51 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6933  OmpA/MotB domain protein  32.68 
 
 		 630 aa  73.9  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0305  OmpA/MotB domain protein  36.27 
 
 		 169 aa  73.9  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.270512  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0753  outer membrane protein, OmpA family  40.38 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1209  OmpA/MotB domain-containing protein  41 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.469659  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0753  OmpA domain-containing protein  43 
 
 		 464 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.767935 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  43.53 
 
 		 333 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1502  OmpA/MotB domain protein  39.81 
 
 		 263 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0641332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1880  outer membrane protein  39.66 
 
 		 375 aa  73.2  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000687097  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2405  OmpA/MotB domain protein  40 
 
 		 175 aa  73.2  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.741795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  48.1 
 
 		 344 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10923  OmpA family protein  33.33 
 
 		 233 aa  73.2  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.497163  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1802  OmpA/MotB domain-containing protein  39.66 
 
 		 375 aa  73.2  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000252189  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2727  OmpA/MotB  40 
 
 		 398 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  51.39 
 
 		 375 aa  73.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0221  OmpA/MotB domain protein  39.81 
 
 		 345 aa  73.2  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0210773 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1638  OmpA/MotB domain protein  38.74 
 
 		 229 aa  73.6  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1446  outer membrane protein  39.81 
 
 		 261 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  38.95 
 
 		 459 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  49.37 
 
 		 345 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02523  OmpA family outer membrane protein  40.62 
 
 		 365 aa  73.2  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.654383  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16630  putative outer membrane protein, OmpA  39.81 
 
 		 261 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0638477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1107  OmpA/MotB domain-containing protein  39.81 
 
 		 263 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0913  outer membrane fibronectin-binding protein  46.34 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003729  outer membrane protein  39.42 
 
 		 222 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113552  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2990  OmpA/MotB domain-containing protein  39.29 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83716  normal  0.0642517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15220  outer membrane protein, OmpA/MotB family  37.74 
 
 		 270 aa  72.4  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  44.83 
 
 		 263 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1561  OmpA family outer membrane protein  34.19 
 
 		 641 aa  72.8  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.322672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1713  outer membrane protein  36.36 
 
 		 631 aa  72.4  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0180372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2436  outer membrane protein  36.7 
 
 		 320 aa  72.8  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0087  OmpA/MotB domain protein  36 
 
 		 638 aa  72.4  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0739  outer membrane fibronectin-binding protein  46.34 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.306148  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2380  hypothetical protein  45.24 
 
 		 209 aa  72  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.074872  hitchhiker  0.00369317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>