More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0388 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  100 
 
 		 459 aa  947    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  93.46 
 
 		 459 aa  848    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  64.15 
 
 		 454 aa  581  1e-164  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  57.65 
 
 		 468 aa  519  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000480584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  56.12 
 
 		 466 aa  502  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000108671 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  56.55 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  55.01 
 
 		 457 aa  472  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  36.5 
 
 		 447 aa  233  6e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  33.98 
 
 		 427 aa  210  5e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  32.13 
 
 		 417 aa  162  9e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000726931  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1995  OmpA/MotB domain-containing protein  35.56 
 
 		 388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000205838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  32.85 
 
 		 344 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0366  OmpA/MotB domain-containing protein  30.77 
 
 		 359 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193162  normal  0.220878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  36 
 
 		 351 aa  147  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  55.38 
 
 		 429 aa  146  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  31.92 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  32.1 
 
 		 344 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3037  OmpA/MotB domain protein  40.61 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  35.8 
 
 		 350 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  35.8 
 
 		 350 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484221  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  32.74 
 
 		 344 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  32.74 
 
 		 344 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  32.74 
 
 		 344 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  31.03 
 
 		 344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  41.3 
 
 		 434 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0586  OmpA domain-containing protein  29.6 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000977039  normal  0.0156715 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1471  fibronectin-binding protein  30.18 
 
 		 319 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000479334  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1651  fibronectin-binding protein  29.75 
 
 		 319 aa  131  3e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1132  OmpA/MotB domain protein  26.71 
 
 		 450 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000365045  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1825  fibronectin-binding protein  30.47 
 
 		 319 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000112417  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1901  OmpA/MotB domain protein  30 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000028398  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  32.24 
 
 		 327 aa  126  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0338  outer membrane protein  31.04 
 
 		 394 aa  120  3e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000725554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0689  OmpA/MotB domain protein  41.33 
 
 		 443 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000828786  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1452  cysteine-rich repeat protein  37.38 
 
 		 1793 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0389  outer membrane fibronectin-binding protein  30 
 
 		 345 aa  116  6.9999999999999995e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0372  OmpA/MotB  30.91 
 
 		 392 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000120544  normal  0.0292595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  48.62 
 
 		 210 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0386  outer membrane fibronectin-binding protein  28.45 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  47.83 
 
 		 333 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1086  OmpA/MotB domain-containing protein  37.06 
 
 		 314 aa  113  7.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0547  hypothetical protein  41.99 
 
 		 420 aa  113  8.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0051  OmpA/MotB domain protein  46.67 
 
 		 333 aa  113  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000573223 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  49.53 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0379  OmpA/MotB domain-containing protein  32.94 
 
 		 403 aa  110  5e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000108544  hitchhiker  0.000354369 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  51.4 
 
 		 376 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1599  outer membrane fibronectin-binding protein  30.21 
 
 		 333 aa  109  9.000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  unclonable  0.00000000197596  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0913  outer membrane fibronectin-binding protein  29.8 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0739  outer membrane fibronectin-binding protein  30.03 
 
 		 337 aa  106  9e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.306148  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1657  opacity protein/surface antigen  38.59 
 
 		 290 aa  104  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.92077e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0181  OmpA/MotB domain protein  46.15 
 
 		 428 aa  103  5e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000218101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2733  OmpA/MotB  47.06 
 
 		 377 aa  103  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0140281  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2593  OmpA/MotB domain protein  43.1 
 
 		 209 aa  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2380  hypothetical protein  41.38 
 
 		 209 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.074872  hitchhiker  0.00369317 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2546  OmpA/MotB domain-containing protein  44.34 
 
 		 209 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2189  OmpA/MotB domain protein  42.24 
 
 		 209 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.406433 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2768  OmpA/MotB  42.61 
 
 		 294 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.961309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05164  hypothetical protein  29.44 
 
 		 301 aa  102  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0958  ompA family protein  29.91 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0914  OmpA/MotB  33.02 
 
 		 368 aa  100  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.412467  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3545  OmpA family protein  28.93 
 
 		 370 aa  98.6  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1578  OmpA/MotB  30.29 
 
 		 363 aa  99  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000110923  unclonable  0.000000219993 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2385  OmpA/MotB domain protein  44.23 
 
 		 416 aa  99  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3591  HAD family hydrolase  26.98 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168113  normal  0.23721 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0675  OmpA  41.53 
 
 		 212 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3048  OmpA/MotB domain-containing protein  25.33 
 
 		 372 aa  97.4  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00212901  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1075  OmpA/MotB domain-containing protein  28.5 
 
 		 365 aa  97.4  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2185  outer membrane protein  47.06 
 
 		 694 aa  97.1  6e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.138653 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2532  OmpA/MotB  36.89 
 
 		 319 aa  96.7  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000651702  n/a   
 
 
 
NC_008709  Ping_0690  OmpA/MotB domain-containing protein  27.46 
 
 		 331 aa  96.7  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0285  hypothetical protein  44.66 
 
 		 364 aa  96.3  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000131916  decreased coverage  0.000000274042 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2966  OmpA/MotB domain-containing protein  25.07 
 
 		 372 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00146812  normal  0.498764 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2418  OmpA/MotB domain protein  48.51 
 
 		 337 aa  96.3  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.609181  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3146  OmpA/MotB domain-containing protein  27.35 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000812337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0305  OmpA/MotB domain protein  45.54 
 
 		 169 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.270512  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3173  OmpA/MotB  43.14 
 
 		 230 aa  95.1  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4774  ompA family protein  40.17 
 
 		 367 aa  94.7  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220216  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0127  outer membrane protein  29.57 
 
 		 415 aa  94.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.017735  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0239  OmpA/MotB domain-containing protein  43.56 
 
 		 317 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0644  OmpA/MotB domain protein  38.46 
 
 		 306 aa  94.4  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.927259  normal  0.0953573 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1667  OmpA/MotB  49.02 
 
 		 219 aa  94  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.500476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1050  OmpA/MotB domain-containing protein  26.54 
 
 		 366 aa  93.6  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0116313  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0236  OmpA/MotB  44.55 
 
 		 334 aa  93.6  7e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2084  OmpA/MotB domain-containing protein  45.54 
 
 		 337 aa  93.6  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000772765  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2732  OmpA/MotB  29.64 
 
 		 373 aa  93.6  8e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.262387  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3164  OmpA/MotB domain protein  32.12 
 
 		 486 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3656  OmpA/MotB domain-containing protein  43.52 
 
 		 401 aa  92.8  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0655983  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5600  OmpA/MotB domain protein  45.1 
 
 		 537 aa  92.8  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.372086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0019  OmpA/MotB domain-containing protein  49.53 
 
 		 510 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0746655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1411  OmpA/MotB domain-containing protein  42.57 
 
 		 326 aa  92.8  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal  0.902662 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04495  OmpA family protein  42.97 
 
 		 626 aa  92.4  1e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.30865  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0746  V-type H(+)-translocating pyrophosphatase  43.56 
 
 		 890 aa  92.8  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.34227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  44.04 
 
 		 223 aa  92.8  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1035  OmpA/MotB domain protein  41.41 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1338  OmpA family protein  45.1 
 
 		 229 aa  92.4  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2727  OmpA/MotB  43 
 
 		 398 aa  92  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1522  conserved repeat domain protein  40.34 
 
 		 1984 aa  92.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000121408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  46.08 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3060  putative outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)proteins  43.51 
 
 		 707 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3262  OmpA/MotB  41.51 
 
 		 201 aa  91.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal  0.468838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>