More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0239 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0239  OmpA/MotB domain-containing protein  100 
 
 		 317 aa  644    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1814  OmpA/MotB  57.51 
 
 		 321 aa  372  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0898802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1579  OmpA family domain-containing protein  41.3 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0659118  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0236  OmpA/MotB  40.25 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2043  OmpA/MotB domain protein  37.39 
 
 		 349 aa  208  8e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0433092  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2084  OmpA/MotB domain-containing protein  38.22 
 
 		 337 aa  206  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000772765  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7144  OmpA family protein  38.67 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2418  OmpA/MotB domain protein  38.41 
 
 		 337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.609181  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2070  OmpA/MotB domain protein  36.19 
 
 		 350 aa  193  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000257303  normal  0.403865 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2320  OmpA/MotB domain protein  35.09 
 
 		 331 aa  176  6e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0145  OmpA/MotB domain-containing protein  38.38 
 
 		 487 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0145  OmpA/MotB domain-containing protein  38.05 
 
 		 487 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0150  OmpA/MotB domain-containing protein  37.71 
 
 		 487 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0632  OmpA/MotB domain-containing protein  34.8 
 
 		 481 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1411  OmpA/MotB domain-containing protein  35.67 
 
 		 326 aa  163  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal  0.902662 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0736  OmpA/MotB domain-containing protein  33.56 
 
 		 497 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0697  outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (LipO)protein  35.74 
 
 		 484 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0285  hypothetical protein  32.38 
 
 		 364 aa  155  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000131916  decreased coverage  0.000000274042 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0594  OmpA/MotB domain-containing protein  34.56 
 
 		 479 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.867579  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2110  OmpA/MotB domain-containing protein  35.74 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.396031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0127  OmpA/MotB domain protein  37.54 
 
 		 364 aa  152  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0452  OmpA/MotB domain-containing protein  33.22 
 
 		 481 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0916  OmpA/MotB domain-containing protein  33 
 
 		 485 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.901686 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0951  OmpA/MotB domain-containing protein  32.66 
 
 		 485 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.212652 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0698  Outer membrane protein-related peptidoglycan-associated (lipo)protein  33.44 
 
 		 481 aa  139  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0915  OmpA/MotB domain-containing protein  32.32 
 
 		 485 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.836858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3583  OmpA/MotB domain-containing protein  33 
 
 		 485 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.333267 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0901  OmpA/MotB domain-containing protein  32.66 
 
 		 485 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2990  OmpA/MotB domain-containing protein  35.04 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83716  normal  0.0642517 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0926  OmpA/MotB family protein  33.2 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2464  OmpA/MotB  30.58 
 
 		 352 aa  109  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.166186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0122  OmpA/MotB domain protein  33.98 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2585  OmpA/MotB domain-containing protein  32.82 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4073  OmpA/MotB domain-containing protein  43.8 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.68736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3949  OmpA/MotB family outer membrane protein  41.67 
 
 		 407 aa  96.3  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.243665  normal  0.26275 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  43.56 
 
 		 459 aa  95.9  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3385  OmpA/MotB  53.85 
 
 		 242 aa  95.9  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464249  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  43.56 
 
 		 459 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  42.57 
 
 		 454 aa  93.6  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  42.86 
 
 		 434 aa  92.4  9e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  39.81 
 
 		 468 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000480584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  40.59 
 
 		 466 aa  92  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000108671 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1059  ompA family protein  45.79 
 
 		 215 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0711  ompA family protein  45.79 
 
 		 215 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0433789  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1054  ompA family protein  45.79 
 
 		 215 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2302  ompA family protein  45.79 
 
 		 215 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1615  ompA family protein  45.79 
 
 		 215 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2984  ompA family protein  45.79 
 
 		 215 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00790258  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1212  ompA family protein  45.79 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1255  Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)proteins-like  37.84 
 
 		 422 aa  88.6  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.201684  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  42.57 
 
 		 457 aa  88.6  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  44.55 
 
 		 466 aa  88.2  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  40.15 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3037  OmpA/MotB domain protein  41.9 
 
 		 432 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0857  ompA family protein  45.79 
 
 		 261 aa  88.2  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  42.57 
 
 		 344 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5600  OmpA/MotB domain protein  33.79 
 
 		 537 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.372086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0858  OmpA/MotB domain-containing protein  45.79 
 
 		 214 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000645517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16630  putative outer membrane protein, OmpA  40.71 
 
 		 261 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0638477  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2380  hypothetical protein  47.06 
 
 		 209 aa  86.7  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.074872  hitchhiker  0.00369317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1446  outer membrane protein  40.71 
 
 		 261 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3747  OmpA/MotB family outer membrane protein  46.15 
 
 		 542 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.598443  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2189  OmpA/MotB domain protein  48.04 
 
 		 209 aa  86.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.406433 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2554  OmpA/MotB domain protein  47.06 
 
 		 221 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.900658 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2813  OmpA/MotB domain protein  47.06 
 
 		 221 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2593  OmpA/MotB domain protein  48.04 
 
 		 209 aa  86.3  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  38.71 
 
 		 261 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3804  OmpA/MotB domain protein  45.19 
 
 		 543 aa  85.9  8e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  40.59 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2190  OmpA/MotB domain-containing protein  42.86 
 
 		 217 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000129773  normal  0.4125 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  41.41 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1016  OmpA/MotB domain protein  44.76 
 
 		 217 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000464743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1033  OmpA family protein  44.76 
 
 		 228 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.383964  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  40.82 
 
 		 447 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3482  OmpA/MotB family outer membrane protein  44.76 
 
 		 217 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0217  outer membrane protein, porin F precursor  35.51 
 
 		 669 aa  85.1  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1209  OmpA/MotB domain-containing protein  36.92 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.469659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2694  OmpA/MotB domain-containing protein  44.76 
 
 		 228 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.110946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  41.58 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0675  OmpA  47.06 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1221  OmpA/MotB  42.72 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2768  OmpA/MotB  47.06 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.961309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2141  outer membrane protein  37.04 
 
 		 510 aa  84.7  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.496848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2282  OmpA/MotB domain protein  43.14 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00992877 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0195  OmpA/MotB domain-containing protein  42.86 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2349  OmpA/MotB domain-containing protein  44.86 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0905515  normal  0.139964 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1731  OmpA/MotB domain protein  47.57 
 
 		 623 aa  84.3  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.134193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0019  OmpA/MotB domain-containing protein  45.63 
 
 		 510 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0746655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2483  OmpA/MotB domain-containing protein  44.86 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.421874  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3975  OmpA/MotB domain protein  38.68 
 
 		 1026 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0116692  normal  0.107099 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2715  peptidoglycan-associated lipoprotein  44.25 
 
 		 673 aa  84  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0234601  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  38.98 
 
 		 429 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5762  OmpA/MotB domain-containing protein  40.68 
 
 		 420 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3888  OmpA/MotB domain protein  44.23 
 
 		 544 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.457406  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1152  OmpA family protein  39.84 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000620554  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2436  OmpA/MotB domain-containing protein  43.93 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  38.61 
 
 		 344 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  40.59 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1825  OmpA/MotB  43.93 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000764276  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2441  OmpA/MotB domain-containing protein  43.93 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000422184  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>