More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2464 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2464  OmpA/MotB  100 
 
 		 352 aa  702    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.166186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0122  OmpA/MotB domain protein  36.36 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2990  OmpA/MotB domain-containing protein  37.69 
 
 		 316 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83716  normal  0.0642517 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0926  OmpA/MotB family protein  38.91 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2585  OmpA/MotB domain-containing protein  37.3 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0281  OmpA/MotB  33.23 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.195682 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7144  OmpA family protein  29.65 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0239  OmpA/MotB domain-containing protein  30.58 
 
 		 317 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2084  OmpA/MotB domain-containing protein  29.37 
 
 		 337 aa  105  9e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000772765  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2320  OmpA/MotB domain protein  28.79 
 
 		 331 aa  103  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1814  OmpA/MotB  27.64 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0898802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  44.07 
 
 		 350 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  44.07 
 
 		 350 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  47.12 
 
 		 210 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  48.08 
 
 		 351 aa  96.3  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2418  OmpA/MotB domain protein  29.93 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.609181  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  46.15 
 
 		 327 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1579  OmpA family domain-containing protein  29.26 
 
 		 333 aa  93.2  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0659118  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0236  OmpA/MotB  27.82 
 
 		 334 aa  90.1  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  44.23 
 
 		 344 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  44.23 
 
 		 344 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  43.27 
 
 		 344 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  43.27 
 
 		 345 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  43.27 
 
 		 344 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0594  OmpA/MotB domain-containing protein  25.6 
 
 		 479 aa  87.8  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.867579  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  42.31 
 
 		 344 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2018  OmpA/MotB  41.67 
 
 		 348 aa  86.7  5e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1411  OmpA/MotB domain-containing protein  39.53 
 
 		 326 aa  87  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal  0.902662 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1075  OmpA/MotB domain-containing protein  43.27 
 
 		 365 aa  86.7  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  37.17 
 
 		 466 aa  86.3  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  40.74 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000726931  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  34.91 
 
 		 454 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41140  OmpA family protein  40.16 
 
 		 222 aa  85.1  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2043  OmpA/MotB domain protein  27.72 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0433092  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0689  OmpA/MotB domain protein  37.74 
 
 		 443 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000828786  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  32.73 
 
 		 427 aa  84.3  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0051  OmpA/MotB domain protein  38.1 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000573223 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  34.71 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  37.14 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  34.71 
 
 		 459 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0145  OmpA/MotB domain-containing protein  26.22 
 
 		 487 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0739  outer membrane fibronectin-binding protein  42.45 
 
 		 337 aa  82.4  0.000000000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.306148  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  40.57 
 
 		 429 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0913  outer membrane fibronectin-binding protein  41.67 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2070  OmpA/MotB domain protein  24.91 
 
 		 350 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000257303  normal  0.403865 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0145  OmpA/MotB domain-containing protein  26.69 
 
 		 487 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  40.38 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0244  outer membrane protein  44.04 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.930623 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  37.74 
 
 		 447 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  40.74 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000706819  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  39.25 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3650  OmpA/MotB domain-containing protein  41.8 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2546  OmpA/MotB domain-containing protein  35.58 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1502  OmpA/MotB domain protein  41.28 
 
 		 263 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0641332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  33.98 
 
 		 466 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000108671 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3583  OmpA/MotB domain-containing protein  25.24 
 
 		 485 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.333267 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0150  OmpA/MotB domain-containing protein  28.11 
 
 		 487 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  41.28 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  33.63 
 
 		 457 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  33.98 
 
 		 468 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000480584  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1107  OmpA/MotB domain-containing protein  41.28 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3975  OmpA/MotB domain protein  42.16 
 
 		 1026 aa  77.4  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0116692  normal  0.107099 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1086  OmpA/MotB domain-containing protein  38.89 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0951  OmpA/MotB domain-containing protein  25.26 
 
 		 485 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.212652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0285  hypothetical protein  34.21 
 
 		 364 aa  77  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000131916  decreased coverage  0.000000274042 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1262  OmpA/MotB  40.95 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.140432  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0916  OmpA/MotB domain-containing protein  25.26 
 
 		 485 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.901686 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04077  Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)protein  40.2 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2110  OmpA/MotB domain-containing protein  40.32 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.396031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0272  OmpA/MotB domain-containing protein  37.93 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2674  OmpA/MotB domain-containing protein  38.24 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000176163  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0586  OmpA domain-containing protein  30.49 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000977039  normal  0.0156715 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0901  OmpA/MotB domain-containing protein  24.61 
 
 		 485 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1713  outer membrane protein  32.31 
 
 		 631 aa  75.5  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0180372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2185  outer membrane protein  34.23 
 
 		 694 aa  75.5  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.138653 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0632  OmpA/MotB domain-containing protein  38.66 
 
 		 481 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  40 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1537  OmpA/MotB domain protein  39.22 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2146  OmpA/MotB domain-containing protein  38.46 
 
 		 218 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.47635  normal  0.386424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1344  OmpA/MotB domain-containing protein  39.45 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124071  hitchhiker  0.0000223206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2617  OmpA family protein  40 
 
 		 225 aa  75.1  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000499  outer membrane protein A precursor  41.35 
 
 		 330 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000000410155  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0915  OmpA/MotB domain-containing protein  24.91 
 
 		 485 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.836858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004183  outer membrane protein A precursor  43.68 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4115  OmpA/MotB domain-containing protein  39.45 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53500  hypothetical protein  40.74 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1506  ompA family protein  38.53 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5262  OmpA/MotB  41.75 
 
 		 575 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1090  OmpA/MotB domain-containing protein  37.25 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000322286  normal  0.0373781 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0206  OmpA/MotB  39.47 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0697  outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (LipO)protein  25.68 
 
 		 484 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1932  outer membrane protein  32.76 
 
 		 424 aa  73.9  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.259358 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4687  hypothetical protein  40.74 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.427745  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  40.2 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1207  OmpA/MotB domain-containing protein  38.24 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000250814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  35.24 
 
 		 434 aa  73.6  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0547  hypothetical protein  48.65 
 
 		 420 aa  73.6  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1206  OmpA/MotB domain-containing protein  38.24 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000845715  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3339  OmpA family protein  35.45 
 
 		 196 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1277  OmpA/MotB domain-containing protein  38.24 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000882937  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>