More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1422 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  100 
 
 		 210 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  87.61 
 
 		 327 aa  207  8e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4338  hypothetical protein  56.46 
 
 		 210 aa  206  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50880  hypothetical protein  56.46 
 
 		 210 aa  206  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000407187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  85.34 
 
 		 350 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  85.34 
 
 		 350 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  84.48 
 
 		 351 aa  203  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  83.62 
 
 		 345 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  84.48 
 
 		 344 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  83.62 
 
 		 344 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  83.62 
 
 		 344 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  81.9 
 
 		 344 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  81.03 
 
 		 344 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  81.03 
 
 		 344 aa  191  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1220  OmpA/MotB  45.69 
 
 		 231 aa  161  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1121  OmpA/MotB domain protein  47.19 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.372182  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1157  OmpA/MotB domain-containing protein  47.19 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4295  OmpA/MotB domain-containing protein  46.75 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1142  OmpA/MotB domain-containing protein  45.45 
 
 		 230 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.679829 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  54.39 
 
 		 447 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  55.26 
 
 		 429 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1086  OmpA/MotB domain-containing protein  50.79 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  46.83 
 
 		 454 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  44.26 
 
 		 466 aa  125  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  49.53 
 
 		 333 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  55.86 
 
 		 376 aa  124  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  49.19 
 
 		 468 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000480584  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2546  OmpA/MotB domain-containing protein  48.67 
 
 		 209 aa  123  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0051  OmpA/MotB domain protein  48.62 
 
 		 333 aa  123  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000573223 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  49.19 
 
 		 466 aa  122  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000108671 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  45.38 
 
 		 459 aa  121  9e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0689  OmpA/MotB domain protein  46.67 
 
 		 443 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000828786  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  45.54 
 
 		 427 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  54.24 
 
 		 375 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0913  outer membrane fibronectin-binding protein  55 
 
 		 337 aa  118  4.9999999999999996e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  45.74 
 
 		 459 aa  118  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  53.92 
 
 		 296 aa  117  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  43.7 
 
 		 457 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0739  outer membrane fibronectin-binding protein  55 
 
 		 337 aa  117  9.999999999999999e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.306148  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3591  HAD family hydrolase  49.57 
 
 		 380 aa  115  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168113  normal  0.23721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4294  OmpA/MotB domain-containing protein  37.66 
 
 		 239 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  49.64 
 
 		 223 aa  114  7.999999999999999e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  51.35 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0958  ompA family protein  46.02 
 
 		 352 aa  112  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0586  OmpA domain-containing protein  46.96 
 
 		 381 aa  113  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000977039  normal  0.0156715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1502  OmpA/MotB domain protein  51.35 
 
 		 263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0641332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  51.35 
 
 		 263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1901  OmpA/MotB domain protein  58.49 
 
 		 335 aa  112  5e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000028398  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  50.45 
 
 		 261 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0366  OmpA/MotB domain-containing protein  41.6 
 
 		 359 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193162  normal  0.220878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1506  ompA family protein  50.45 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  45.28 
 
 		 417 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000726931  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1122  OmpA/MotB domain protein  37.19 
 
 		 264 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0205488  hitchhiker  0.00000560377 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3037  OmpA/MotB domain protein  40.57 
 
 		 432 aa  109  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  40.37 
 
 		 434 aa  109  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1107  OmpA/MotB domain-containing protein  50.45 
 
 		 263 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  43.48 
 
 		 607 aa  108  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0338  outer membrane protein  47.75 
 
 		 394 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000725554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4115  OmpA/MotB domain-containing protein  50.45 
 
 		 262 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1446  outer membrane protein  49.55 
 
 		 261 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1671  OmpA/MotB domain-containing protein  46.28 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0372  OmpA/MotB  47.75 
 
 		 392 aa  107  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000120544  normal  0.0292595 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1599  outer membrane fibronectin-binding protein  47.93 
 
 		 333 aa  107  1e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  unclonable  0.00000000197596  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16630  putative outer membrane protein, OmpA  49.55 
 
 		 261 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0638477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0379  OmpA/MotB domain-containing protein  48.65 
 
 		 403 aa  107  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000108544  hitchhiker  0.000354369 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2821  OmpA/MotB domain-containing protein  50 
 
 		 236 aa  106  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1602  outer membrane protein OprF  43.12 
 
 		 240 aa  106  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1152  OmpA family protein  41.32 
 
 		 233 aa  105  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000620554  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3262  OmpA/MotB  48.62 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal  0.468838 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3656  OmpA/MotB domain-containing protein  48.65 
 
 		 401 aa  105  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0655983  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1158  OmpA/MotB domain-containing protein  36.78 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.112434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48650  OmpA/MotB family protein  46.67 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1563  OmpA/MotB domain protein  35.11 
 
 		 231 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398665  normal  0.301983 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1075  OmpA/MotB domain-containing protein  43.12 
 
 		 365 aa  105  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  50.47 
 
 		 224 aa  104  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000706819  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1667  OmpA/MotB  48.41 
 
 		 219 aa  105  7e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.500476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2146  OmpA/MotB domain-containing protein  48.6 
 
 		 218 aa  104  8e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.47635  normal  0.386424 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0181  OmpA/MotB domain protein  46.56 
 
 		 263 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.833655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4718  OmpA/MotB domain-containing protein  55.24 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790715 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1221  OmpA/MotB  43.8 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1338  OmpA family protein  47.01 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3118  OmpA/MotB domain-containing protein  52.21 
 
 		 242 aa  103  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113937 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  37.14 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1796  OmpA/MotB  54.29 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0221039  unclonable  0.00000303101 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3279  OmpA/MotB domain-containing protein  52.38 
 
 		 219 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209932  normal  0.606856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1397  OmpA/MotB domain protein  53.33 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0547  hypothetical protein  44.44 
 
 		 420 aa  102  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2463  OmpA/MotB domain-containing protein  53.33 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.249955 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03195  Thrombospondin type 3 repeat:OmpA/MotB  47.62 
 
 		 478 aa  102  4e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.889374  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1825  fibronectin-binding protein  43.55 
 
 		 319 aa  100  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000112417  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0389  outer membrane fibronectin-binding protein  47.11 
 
 		 345 aa  100  1e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1689  OmpA family protein  44.35 
 
 		 352 aa  100  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000195152  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0244  outer membrane protein  49.02 
 
 		 331 aa  99.8  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.930623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1572  OmpA/MotB  53.33 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00161285  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2804  OmpA/MotB domain-containing protein  43.93 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2789  OmpA/MotB domain-containing protein  53.33 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000026968  hitchhiker  0.00127263 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0546  OmpA/MotB domain-containing protein  43.24 
 
 		 205 aa  99.8  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.42623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1423  OmpA/MotB domain-containing protein  37.6 
 
 		 244 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0509995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2018  OmpA/MotB  44.14 
 
 		 348 aa  99  4e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1325  hypothetical protein  39.34 
 
 		 656 aa  99  4e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.532479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>