More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1132 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1132  OmpA/MotB domain protein  100 
 
 		 450 aa  905    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000365045  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2377  outer membrane protein/peptidoglycan-associated (lipo)proteins  26.81 
 
 		 427 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.07612e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  27.11 
 
 		 459 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  26.68 
 
 		 459 aa  124  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  26.97 
 
 		 457 aa  121  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  24.84 
 
 		 454 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0441  OmpA/MotB domain-containing protein  25 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000726931  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  25.48 
 
 		 447 aa  110  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1376  OmpA/MotB domain protein  23.98 
 
 		 468 aa  101  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000480584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2905  OmpA/MotB domain protein  23.25 
 
 		 466 aa  93.2  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000108671 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  41.75 
 
 		 429 aa  87  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  34.17 
 
 		 466 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3482  OmpA/MotB family outer membrane protein  41.18 
 
 		 217 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2703  OmpA domain-containing protein  35.29 
 
 		 560 aa  82.8  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.74535  normal  0.0183644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1016  OmpA/MotB domain protein  39.22 
 
 		 217 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000464743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2190  OmpA/MotB domain-containing protein  40.2 
 
 		 217 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000129773  normal  0.4125 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  30.34 
 
 		 344 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  30.81 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0711  ompA family protein  38.24 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0433789  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2984  ompA family protein  38.24 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00790258  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2302  ompA family protein  38.24 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1615  ompA family protein  38.24 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180495  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1059  ompA family protein  38.24 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1054  ompA family protein  38.24 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1355  OmpA domain-containing protein  37.27 
 
 		 560 aa  76.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  32.85 
 
 		 224 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000706819  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1467  OmpA/MotB domain-containing protein  37.27 
 
 		 560 aa  76.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.459953  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1212  ompA family protein  38.24 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0857  ompA family protein  37.25 
 
 		 261 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  37.86 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0366  OmpA/MotB domain-containing protein  36.28 
 
 		 359 aa  74.3  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193162  normal  0.220878 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  36.54 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  31.58 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0689  OmpA/MotB domain protein  31.58 
 
 		 443 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000828786  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  35.71 
 
 		 344 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0858  OmpA/MotB domain-containing protein  35.29 
 
 		 214 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000645517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0181  OmpA/MotB domain protein  34.31 
 
 		 428 aa  72.8  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000218101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2441  OmpA/MotB domain-containing protein  37.25 
 
 		 215 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000422184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2436  OmpA/MotB domain-containing protein  37.25 
 
 		 215 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140056  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  35.71 
 
 		 344 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1825  OmpA/MotB  37.25 
 
 		 215 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000764276  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  35.71 
 
 		 344 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2593  OmpA/MotB domain protein  35.29 
 
 		 209 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3029  OmpA/MotB domain-containing protein  45.12 
 
 		 555 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  37.86 
 
 		 351 aa  72.4  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  35.71 
 
 		 344 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5767  OmpA/MotB family protein  37.25 
 
 		 214 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00312455  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1086  OmpA/MotB domain-containing protein  32.03 
 
 		 314 aa  72.4  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0675  OmpA  35.58 
 
 		 212 aa  71.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  35.92 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1262  OmpA/MotB  38.14 
 
 		 217 aa  71.2  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.140432  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0051  OmpA/MotB domain protein  33.67 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000573223 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2189  OmpA/MotB domain protein  34.31 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.406433 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0272  OmpA/MotB domain-containing protein  40.21 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  33.67 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0606  OmpA/MotB domain-containing protein  38.24 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0759282 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3164  OmpA/MotB domain protein  36.19 
 
 		 486 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06262  hypothetical protein  38.68 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3541  OmpA/MotB  35.24 
 
 		 193 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.09094e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2380  hypothetical protein  32.35 
 
 		 209 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.074872  hitchhiker  0.00369317 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1035  OmpA/MotB domain protein  34.23 
 
 		 360 aa  68.9  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2349  OmpA/MotB domain-containing protein  35.29 
 
 		 215 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0905515  normal  0.139964 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3173  OmpA/MotB  35.92 
 
 		 230 aa  68.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2768  OmpA/MotB  33.33 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.961309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1710  OmpA family peptidoglycan-associated lipoprotein  32.73 
 
 		 640 aa  68.6  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00224676  normal  0.770798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0762  OmpA/MotB domain protein  35.51 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.420349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1139  OmpA/MotB domain-containing protein  41.25 
 
 		 198 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.528624  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  30.72 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1196  OmpA/MotB domain-containing protein  40.38 
 
 		 459 aa  68.2  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0547  hypothetical protein  36.36 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  30.72 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  33.96 
 
 		 376 aa  68.6  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1004  OmpA/MotB domain protein  35.71 
 
 		 175 aa  68.2  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5154  OmpA/MotB domain protein  31.91 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1832  OmpA/MotB  36.11 
 
 		 523 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2483  OmpA/MotB domain-containing protein  35.29 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.421874  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3257  OmpA/MotB domain-containing protein  41.33 
 
 		 576 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2727  OmpA/MotB  35.85 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1340  OmpA/MotB domain protein  33.64 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000111461  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2464  OmpA/MotB  31.25 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.166186 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000499  outer membrane protein A precursor  36.79 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000000410155  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3735  outer membrane protein  40.62 
 
 		 670 aa  67.4  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2054  lipoprotein PG3  37.41 
 
 		 223 aa  67  0.0000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0950809 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2925  OmpA/MotB  34.91 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.407293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0594  OmpA/MotB domain-containing protein  32.69 
 
 		 479 aa  67  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.867579  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4257  OmpA/MotB  34.86 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1411  OmpA/MotB domain-containing protein  33.66 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal  0.902662 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2804  OmpA/MotB domain-containing protein  32.74 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4033  OmpA/MotB domain protein  32.11 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.659004  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0644  OmpA/MotB domain protein  33.61 
 
 		 306 aa  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.927259  normal  0.0953573 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3473  OmpA/MotB domain protein  36.79 
 
 		 222 aa  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.773207  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0181  OmpA/MotB domain-containing protein  35.29 
 
 		 224 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.235186 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1911  OmpA domain-containing protein  39.73 
 
 		 205 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6933  OmpA/MotB domain protein  31.62 
 
 		 630 aa  66.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1932  outer membrane protein  39.02 
 
 		 424 aa  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.259358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3854  surface antigen protein  37.5 
 
 		 221 aa  65.5  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.415864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0206  OmpA/MotB  37.25 
 
 		 217 aa  65.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2617  OmpA family protein  36.08 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3583  peptidoglycan-associated lipoprotein  32.31 
 
 		 200 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0282  OmpA/MotB domain protein  33.58 
 
 		 230 aa  65.9  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000802819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>