More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1823 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  88.11 
 
 		 227 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  82.3 
 
 		 226 aa  348  3e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  67.36 
 
 		 260 aa  260  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  60.54 
 
 		 229 aa  254  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  54.63 
 
 		 210 aa  222  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 213 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0441  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.805705 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 199 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0935  TetR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 199 aa  156  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 198 aa  150  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  40.82 
 
 		 213 aa  137  8.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 		 211 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3212  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 211 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 205 aa  124  8.000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 192 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03754  transcription regulator protein  33.84 
 
 		 215 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.727658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3375  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4562  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.602927 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3490  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 201 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 201 aa  111  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2579  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1978  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3531  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0006  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0589242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3117  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100627  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0992  putative transcriptional regulator of paa operon  38.31 
 
 		 208 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.332152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 201 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0289  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 202 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3668  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 202 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0040426  hitchhiker  0.0000000599644 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 200 aa  80.9  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.44 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 246 aa  69.7  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 256 aa  68.2  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 		 189 aa  67  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  26.05 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  46.25 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 238 aa  62  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  39.18 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 183 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3049  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  27.71 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10159  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 125 aa  58.2  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>