More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0840 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0924  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  77.67 
 
 
712 aa  1056    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.991242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0865  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  60.25 
 
 
712 aa  785    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.163995 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4561  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  87.8 
 
 
711 aa  1162    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0840  chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
712 aa  1390    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.174635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4787  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.91 
 
 
561 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2025  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.87 
 
 
688 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0110809  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1317  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.54 
 
 
560 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.14669 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3904  chemotaxis sensory transducer  49.73 
 
 
566 aa  303  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1918  chemotaxis sensory transducer  50.14 
 
 
688 aa  301  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.537222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3545  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
689 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.457552  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0065  chemotaxis sensory transducer  47.33 
 
 
688 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0714339 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0192  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.44 
 
 
688 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4104  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.21 
 
 
586 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.783692  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1316  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.8 
 
 
561 aa  292  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2846  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.73 
 
 
565 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430745  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.97 
 
 
566 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3107  chemotaxis sensory transducer  48.5 
 
 
674 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0664997 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2484  chemotaxis sensory transducer  47.59 
 
 
563 aa  289  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1562  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1840  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.19 
 
 
561 aa  289  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3598  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.68 
 
 
672 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2368  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  46.22 
 
 
561 aa  286  5.999999999999999e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2250  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.3 
 
 
670 aa  286  8e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.96 
 
 
691 aa  286  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00184965  normal  0.0777916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6483  methyl-accepting chemotaxis protein  45.27 
 
 
565 aa  286  9e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.877741  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2358  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.68 
 
 
673 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.207811 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.58 
 
 
563 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5119  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.62 
 
 
563 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.16 
 
 
563 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4407  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.43 
 
 
566 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6635  methyl-accepting chemotaxis protein  45.12 
 
 
565 aa  283  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.459746  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.14 
 
 
675 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0391093 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0969  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.85 
 
 
562 aa  280  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.956339  normal  0.570918 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1857  chemotaxis sensory transducer  45.31 
 
 
563 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2774  chemotaxis sensory transducer  33.7 
 
 
729 aa  279  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.784687  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4464  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.07 
 
 
573 aa  279  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.610641  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4105  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.28 
 
 
561 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.916882  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4147  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.58 
 
 
694 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3380  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.8 
 
 
567 aa  279  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3377  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.82 
 
 
563 aa  278  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.528008  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0994  chemotaxis sensory transducer  45.11 
 
 
656 aa  277  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.357708  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3547  chemotaxis sensory transducer  47.78 
 
 
566 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.93 
 
 
567 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4580  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.33 
 
 
563 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2367  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  47.46 
 
 
562 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.287749 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4809  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.28 
 
 
563 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0995  chemotaxis sensory transducer  45.33 
 
 
656 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.880627  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0885  putative methyl-accepting chemotaxis protein  44.22 
 
 
691 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4269  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer protein  46.35 
 
 
691 aa  273  7e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0644  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  48.17 
 
 
565 aa  272  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6717  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.74 
 
 
741 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.447835  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0713  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.15 
 
 
685 aa  272  2e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.862704 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3378  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.79 
 
 
563 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104618  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2032  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.6 
 
 
558 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.176129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4783  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.04 
 
 
730 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2996  methyl-accepting chemotaxis protein  43.29 
 
 
698 aa  271  4e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.31 
 
 
560 aa  270  5e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196109  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3563  chemotaxis sensory transducer  46.24 
 
 
563 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1830  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.82 
 
 
563 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3610  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.46 
 
 
563 aa  270  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.48 
 
 
563 aa  270  7e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3379  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.89 
 
 
587 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.787169  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5110  hypothetical protein  43.99 
 
 
688 aa  269  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.791751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2072  chemotaxis sensory transducer  45.98 
 
 
556 aa  268  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68132  normal  0.341201 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0820  chemotaxis sensory transducer  48.17 
 
 
608 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254614  normal  0.216431 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.98 
 
 
556 aa  267  4e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.395485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0779  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  47.89 
 
 
558 aa  267  5e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0546434  normal  0.151916 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1293  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.04 
 
 
562 aa  267  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00511002  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3471  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.22 
 
 
561 aa  267  5.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.130295  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3161  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.39 
 
 
731 aa  266  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.072786  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3147  chemotaxis sensory transducer  47.22 
 
 
561 aa  266  8e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0908078  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1408  chemotaxis sensory transducer  45.45 
 
 
568 aa  266  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.591131  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2905  putative methyl-accepting chemotaxis protein  43.6 
 
 
542 aa  266  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234112  normal  0.211145 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2744  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.98 
 
 
572 aa  266  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696609  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2843  putative histidine kinase, HAMP region  41.69 
 
 
682 aa  265  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1795  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.44 
 
 
561 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.432423  normal  0.0230577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4788  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.86 
 
 
561 aa  265  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3476  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.89 
 
 
641 aa  264  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.640734  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5172  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.09 
 
 
656 aa  263  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3804  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.82 
 
 
655 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.772812  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0581  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.73 
 
 
562 aa  263  8.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0281709  decreased coverage  0.00474558 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0158  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.54 
 
 
561 aa  262  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2904  putative methyl-accepting chemotaxis protein  45.32 
 
 
568 aa  262  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481458  normal  0.283558 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0337  chemotaxis sensory transducer  44.99 
 
 
563 aa  263  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.760858  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2742  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.24 
 
 
560 aa  262  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4101  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.35 
 
 
698 aa  261  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2900  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer (chemoreceptor)  47.06 
 
 
675 aa  261  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142675  normal  0.173139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1321  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.43 
 
 
730 aa  260  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0177086  normal  0.260794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2799  putative receptor/sensory transducer  48.5 
 
 
707 aa  260  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0655652  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7508  putative methyl-accepting chemotaxis protein (with a HAMP region)  46.33 
 
 
552 aa  260  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.692825  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2901  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.45 
 
 
674 aa  259  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.22504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6993  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  43.99 
 
 
697 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4271  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.22 
 
 
567 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0153  chemotaxis sensory transducer  43.4 
 
 
602 aa  257  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3475  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.33 
 
 
649 aa  257  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1160  chemotaxis sensory transducer  48 
 
 
559 aa  257  7e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0914  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.34 
 
 
689 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1843  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.44 
 
 
568 aa  256  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.618754 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6434  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.35 
 
 
557 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2961  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.76 
 
 
563 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2465  chemotaxis sensory transducer  44.83 
 
 
561 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5909  normal  0.697276 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>