130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0576 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0576  LmbE-like protein  100 
 
 		 261 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4099  LmbE-like protein  71.43 
 
 		 246 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.149754  normal  0.14336 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0797  LmbE family protein  48.76 
 
 		 244 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34049  normal  0.5646 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1388  LmbE family protein  46.94 
 
 		 245 aa  198  7e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0664971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1227  LmbE family protein  46.53 
 
 		 245 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1164  LmbE family protein  46.94 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3660  LmbE family protein  45.02 
 
 		 245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364651  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3594  LmbE family protein  40.49 
 
 		 246 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  37.6 
 
 		 447 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2921  LmbE family protein  35.15 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2542  LmbE-like protein  35.91 
 
 		 252 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0201  LmbE family protein  39.06 
 
 		 277 aa  99.4  6e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.910977  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2637  LmbE family protein  37.38 
 
 		 250 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338459  normal  0.600261 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  36.07 
 
 		 462 aa  94.7  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2999  LmbE-like protein  35.9 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  28.19 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3132  hypothetical protein  36.08 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3114  LmbE family protein  29.6 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0216  hypothetical protein  28.99 
 
 		 277 aa  87.4  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2503  LmbE family protein  37.82 
 
 		 251 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3258  LmbE family protein  37.31 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2160  LmbE family protein  29 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  31.28 
 
 		 502 aa  83.2  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2653  LmbE family protein  36.63 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.817849 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0020  LmbE family protein  36.81 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.128438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0137  LmbE family protein  28.64 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295286  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_193  LmbE  28.99 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.599254  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4069  LmbE-like protein  34.72 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.64995  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  33.67 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  38.98 
 
 		 708 aa  79.3  0.00000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  31.58 
 
 		 464 aa  78.6  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  30.16 
 
 		 193 aa  77.8  0.0000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1304  LmbE family protein  28.57 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.528408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5872  LmbE family protein  33.17 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359965 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1800  LmbE-like protein  27 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.14671 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  32.86 
 
 		 471 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2539  LmbE-like protein  33.33 
 
 		 253 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  31.75 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0881  LmbE family protein  32.82 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.683362  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1249  LmbE-like protein  28.42 
 
 		 223 aa  65.1  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.975053  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0814  LmbE family protein  30.54 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1286  LmbE family protein  31.11 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.636367  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1275  LmbE family protein  25.65 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.634359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4346  LmbE-like protein  26.8 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1195  LmbE family protein  39.02 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0833  LmbE family protein  33.04 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2062  LmbE family protein  40 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  36.84 
 
 		 337 aa  54.7  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1285  LmbE family protein  31.82 
 
 		 217 aa  55.1  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3596  LmbE family protein  28.84 
 
 		 248 aa  54.7  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1583  LmbE family protein  28.47 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2850  LmbE family protein  26.39 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195512 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2445  hypothetical protein  26.43 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.122432  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5673  LmbE family protein  26.39 
 
 		 225 aa  53.9  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.467342  normal  0.0103265 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10890  uncharacterized LmbE-like protein  32.19 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0375606  normal  0.400819 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0312  LmbE family protein  33.71 
 
 		 487 aa  53.5  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1370  LmbE-like protein  24.18 
 
 		 204 aa  52.8  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.525647  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1010  LmbE family protein  33.68 
 
 		 469 aa  52.4  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1118  hypothetical protein  27.6 
 
 		 225 aa  52  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1264  LmbE-like protein protein  39.33 
 
 		 322 aa  52  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0430129 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1457  LmbE family protein  32.31 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0425  LmbE family protein  25.26 
 
 		 218 aa  51.2  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0619658  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3528  LmbE family protein  25.63 
 
 		 226 aa  51.2  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3730  LmbE family protein  28.11 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2122  LmbE family protein  27.14 
 
 		 236 aa  51.2  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.674571  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1001  hypothetical protein  33.33 
 
 		 237 aa  50.4  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000144261  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0889  LmbE family protein  32.18 
 
 		 237 aa  49.7  0.00005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000133747  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_873  hypothetical protein  33.75 
 
 		 237 aa  49.3  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000209898  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1232  LmbE-like protein  27.13 
 
 		 223 aa  49.3  0.00006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000113124  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0402  LmbE family protein  28.79 
 
 		 217 aa  49.3  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0661  putative LmbE-like protein  23.33 
 
 		 222 aa  48.9  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0532448  normal  0.938153 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0453  LmbE-like protein  50.98 
 
 		 693 aa  48.5  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1017  LmbE-like protein  28.46 
 
 		 316 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2412  LmbE family protein  25.91 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146443 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0954  LmbE family protein  28.88 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.52879  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0590  hypothetical protein  25.53 
 
 		 221 aa  48.5  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.522052  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0604  hypothetical protein  25.53 
 
 		 221 aa  48.5  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.211484  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1028  LmbE family protein  28.79 
 
 		 300 aa  47.4  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.912842  normal  0.457472 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4580  LmbE family protein  29.1 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0651  LmbE family protein  36.25 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.481432 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3858  hypothetical protein  25.13 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1662  LmbE family protein  36.05 
 
 		 280 aa  47  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.197192  normal  0.810868 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3179  LmbE family protein  25.81 
 
 		 220 aa  46.2  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1235  hypothetical protein  37.5 
 
 		 239 aa  45.8  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000120217 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1609  LmbE family protein  26.97 
 
 		 297 aa  45.8  0.0007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1285  glucosamine-6-phosphate deaminase-like protein  26.19 
 
 		 655 aa  45.4  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1995  LmbE family protein  26.53 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0990731 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3183  hypothetical protein  25.91 
 
 		 220 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000002506  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0272  LmbE family protein  34.83 
 
 		 244 aa  45.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.733991  normal  0.923307 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0374  LmbE family protein  38.75 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3479  hypothetical protein  25.91 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11830  uncharacterized LmbE-like protein  37.35 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.263602  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0211  putative LmbE-like protein  25.98 
 
 		 227 aa  44.3  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4217  LmbE family protein  31.85 
 
 		 290 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.105692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4373  LmbE family protein  31.85 
 
 		 290 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2324  LmbE family protein  26.94 
 
 		 242 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3428  LmbE family protein  33.33 
 
 		 227 aa  44.3  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1145  LmbE family protein  33.33 
 
 		 227 aa  44.3  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3496  hypothetical protein  25.91 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.388946  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3467  hypothetical protein  25.35 
 
 		 220 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>