259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0902 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 165 aa  334  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  86.06 
 
 		 165 aa  290  7e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1014  regulatory protein, MarR  85.29 
 
 		 170 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal  0.145225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  70.86 
 
 		 185 aa  225  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  55.24 
 
 		 144 aa  157  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  50.99 
 
 		 150 aa  143  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  40.52 
 
 		 151 aa  97.8  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 148 aa  97.1  9e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  38.69 
 
 		 160 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 148 aa  89.4  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 158 aa  89  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  38.1 
 
 		 149 aa  89  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 150 aa  85.9  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 168 aa  83.2  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 140 aa  84  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  37.6 
 
 		 164 aa  82  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 152 aa  80.1  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 151 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 161 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  36.03 
 
 		 162 aa  79  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 154 aa  78.2  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 159 aa  70.1  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 159 aa  69.7  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  33.07 
 
 		 170 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2834  MarR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 152 aa  68.2  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 168 aa  67.8  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 171 aa  67.8  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 149 aa  67  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  27.59 
 
 		 171 aa  67  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 149 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 149 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 156 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  28.26 
 
 		 172 aa  64.7  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 169 aa  64.3  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02537  putative regulatory protein, MarR  34.55 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000779312  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 143 aa  62  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 143 aa  62  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  27.54 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1847  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603807  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  26.62 
 
 		 174 aa  58.9  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0259  MarR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3592  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 156 aa  57.4  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 139 aa  57.4  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 173 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1098  MarR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 171 aa  57  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3073  MarR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1152  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.327782  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0252  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2122  MarR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2531  MarR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0908  MarR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 304 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 147 aa  55.1  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1960  MarR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 171 aa  53.9  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5039  transcriptional regulator, MarR family  26.72 
 
 		 158 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  23.24 
 
 		 168 aa  53.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  28.97 
 
 		 166 aa  52.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2546  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 137 aa  52.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 191 aa  53.1  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 161 aa  52.4  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2106  MarR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 212 aa  52  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5723  transcriptional regulator, MarR family  28.67 
 
 		 150 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  32.29 
 
 		 142 aa  52  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  32.29 
 
 		 142 aa  52  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 138 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1561  MarR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 212 aa  51.6  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.175593  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2043  MarR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 212 aa  51.6  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.756399  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 138 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2193  MarR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 212 aa  51.6  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.255124  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  29.01 
 
 		 138 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0722  MarR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 212 aa  51.6  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 143 aa  51.6  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 143 aa  51.6  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 138 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0600  MarR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 212 aa  51.2  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582812  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2416  MarR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 223 aa  51.2  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.241585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>