145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1164 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1164  hypothetical protein  100 
 
 		 445 aa  922    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2564  hypothetical protein  44.95 
 
 		 431 aa  347  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.507022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0527  AAA ATPase  40.92 
 
 		 517 aa  334  2e-90  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.55626  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4935  5'-3' DNA helicase  40.18 
 
 		 734 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3066  AAA ATPase  43.51 
 
 		 438 aa  310  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0062  TPR domain-containing protein  39.72 
 
 		 680 aa  306  6e-82  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0999  AAA ATPase  38.41 
 
 		 759 aa  296  5e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.428029  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0207  AAA ATPase  39.49 
 
 		 764 aa  296  6e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3653  helicase-related protein  38.19 
 
 		 738 aa  288  2e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1376  HRDC domain protein  40.88 
 
 		 829 aa  286  5e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0867  AAA ATPase  39.26 
 
 		 782 aa  286  7e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5152  AAA ATPase  39.49 
 
 		 779 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.430692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0861  ATPas  38.8 
 
 		 782 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0878  AAA ATPase  38.8 
 
 		 782 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2072  TPR domain-containing protein  38.44 
 
 		 493 aa  275  8e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.402208  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1180  AAA ATPase  40.38 
 
 		 782 aa  272  8.000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.247835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0435  AAA ATPase  37.04 
 
 		 639 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2047  helicase, putative  37.14 
 
 		 761 aa  268  2e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000160392 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0257  AAA ATPase  37.16 
 
 		 747 aa  265  2e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.166241  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0744  hypothetical protein  92.91 
 
 		 130 aa  252  8.000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.762104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0573  TPR domain-containing protein  34.37 
 
 		 435 aa  192  1e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.526626  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0815  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit - helicase superfamily I member-like protein  30.89 
 
 		 614 aa  175  1.9999999999999998e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1560  AAA ATPase  32.66 
 
 		 659 aa  166  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170714  unclonable  0.00000000068929 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02830  DNA repair and recombination protein pif1, mitochondrial precursor, putative  28.45 
 
 		 669 aa  160  5e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.577209  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1856  glycosysltransferase  31.11 
 
 		 438 aa  160  5e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1080  hypothetical protein  32.13 
 
 		 485 aa  157  3e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0522  conserved hypothetical protein, possible helicase  30.7 
 
 		 420 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1416  hypothetical protein  33.33 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1901  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) subunit alpha  31.48 
 
 		 472 aa  151  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1075  hypothetical protein  28.6 
 
 		 439 aa  143  5e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000929546  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02480  mitochondrial DNA repair and recombination protein PIF1 precursor, putative  28.97 
 
 		 691 aa  136  8e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.255709  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0941  TPR domain-containing protein  27.8 
 
 		 445 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.994783  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06895  helicase (Eurofung)  28.32 
 
 		 661 aa  133  6e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.264873 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1023  hypothetical protein  26.75 
 
 		 447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.218006  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0969  hypothetical protein  26.75 
 
 		 447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1611  DNA helicase: AAA ATPase  31.67 
 
 		 653 aa  113  6e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.77045 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1843  ATPase  32.13 
 
 		 646 aa  113  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.581865 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1779  ATPase  28.5 
 
 		 422 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15917  predicted protein  25.53 
 
 		 628 aa  100  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05278  conserved hypothetical protein  24.89 
 
 		 1579 aa  69.7  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf852  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.06 
 
 		 732 aa  67.8  0.0000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  25.23 
 
 		 738 aa  63.5  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  25 
 
 		 806 aa  61.6  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  25.06 
 
 		 998 aa  60.5  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  25.26 
 
 		 834 aa  60.1  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  30.49 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  23.24 
 
 		 1100 aa  58.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  31.82 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  36.5 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  23.53 
 
 		 1100 aa  57.4  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  26.93 
 
 		 367 aa  57  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  31.82 
 
 		 365 aa  57  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.76 
 
 		 1356 aa  56.2  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  23.15 
 
 		 952 aa  56.2  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  24.57 
 
 		 952 aa  56.2  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0652  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.69 
 
 		 610 aa  56.2  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.955738  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  24.38 
 
 		 1034 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  35.77 
 
 		 365 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  29.5 
 
 		 496 aa  55.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  27.4 
 
 		 678 aa  55.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  23.64 
 
 		 740 aa  54.7  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  24.81 
 
 		 976 aa  55.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  24.81 
 
 		 976 aa  55.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  23.88 
 
 		 1123 aa  55.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09631  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  27.18 
 
 		 576 aa  54.7  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  26.43 
 
 		 369 aa  53.5  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  22.3 
 
 		 1102 aa  53.1  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  26.8 
 
 		 742 aa  53.1  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  26.87 
 
 		 749 aa  52.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  24.05 
 
 		 1107 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  22.46 
 
 		 1102 aa  53.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  25.5 
 
 		 1000 aa  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  25.5 
 
 		 1000 aa  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  26.29 
 
 		 475 aa  52.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  23.74 
 
 		 982 aa  52.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  24.52 
 
 		 688 aa  51.6  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  26.07 
 
 		 728 aa  51.2  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  30.64 
 
 		 740 aa  50.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  23.96 
 
 		 375 aa  50.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  25.49 
 
 		 741 aa  50.8  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  26.16 
 
 		 746 aa  50.4  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  34.72 
 
 		 363 aa  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  26.49 
 
 		 469 aa  50.1  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  22.84 
 
 		 659 aa  50.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  24.63 
 
 		 985 aa  50.1  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.01 
 
 		 833 aa  49.3  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  23.72 
 
 		 375 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  27.23 
 
 		 738 aa  49.7  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  21.6 
 
 		 907 aa  48.9  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  29.19 
 
 		 369 aa  48.9  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  22.8 
 
 		 1107 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  28.79 
 
 		 473 aa  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  25.33 
 
 		 372 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  24.33 
 
 		 728 aa  48.5  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  24.81 
 
 		 369 aa  47.8  0.0004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  25.12 
 
 		 968 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  25.59 
 
 		 368 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  27.37 
 
 		 727 aa  47.4  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  24.01 
 
 		 1039 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  23.6 
 
 		 369 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>